到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在...
在ChIP-Seq（染色质免疫沉淀测序）技术中，"peak"指的是基因组上的特定区域，这些区域富含由ChIP实验所...
peak=GenomicRanges::GRangesList(WG1=readPeakFile("8WG16-1.sorted.bam_peaks.narrowPeak"),WG2=readPeakFile("8WG16-2.sorted.bam_peaks.narrowPeak"))#(先指定的在右侧,这个比较奇怪,所以以后还是要改成2号在前) 使用ChIPseeker包中的readPeakFile函数将bed文件读入到R,并存储为GRanges对象 covplot(peak,...
到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
我们可以使用 summarizeOverlaps 函数计算与峰重叠的片段数。由于 ChIPseq 是无链的,我们将 ignore.strand 参数设置为 TRUE。 返回的对象是一个熟悉的 RangedSummarizedExperiment,其中包含我们的非冗余峰的 GRanges 以及我们 BAM 文件在这些区域中的计数。
macs2 callpeak-t Sorted_Myc_MEL_1.bam –name Mel_Rep1 –-outdir PeakDirectory-cSorted_Input_MEL.bam 3.2. 在 R 中运行 MACS2 Herper 允许我们从 R 中运行 conda 包。MACS2 已安装到 ChIPseq_analysis 中。所以我们可以使用 with_CondaEnv() 从 R 中使用这个环境。
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
在chip_seq数据分析中,peak calling是核心,得到peak区间之后,我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念,其中包含了以下多种类型的注释信息 1. enrichment profile profile是一个生信分析中的高频词汇,在不同组学数据中有不同的含义,在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注...
Intergenic:基因间区中的 Peak 的比例。 可以载入IGV看看效果,检测软件找到的peaks是否真的合理,还可以配合rmarkdown来出自动化报告。 也可以使用其它代码进行下游分析;https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline/tree/master/CHIPseq homer软件来寻找motif ...