首先如果peak和TSS有overlap,genomic annotation就是promoter,而最近基因也是同一个,所以在这种情况下,两种注释都指向同一个基因,可以说信息是冗余的,能不能不要冗余信息?这个是可以的,你可以传入参数ignoreOverlap=TRUE,那么最近基因就会去找不overlap的。 最近基因是相对于TSS,如果和TSS有overlap,距离是0, 必须是最近。
5. 定义consensus, redundant 集 为了解决这个问题，ChIPseq 中的一个常见操作是在所有样本中定义一组非...
考虑到不同基因如果距离较近,那么他们之间会存在有overlap,所以这里我们先提取出所有基因TSS上下游1kb范围的坐标,然后对其取并集: $ grep-v^# gencode.v40.annotation.gtf|awk-F"\t"-v OFS="\t"'{if($3~/gene/) {if($4-1000<0) print $1,0,$4+1000;else print $1,$4-1000,$4+1000}}'|bed...
对于有共有区域(overlap)的Peak,计算最高峰位点并向其两侧各延伸250bp作为合并峰计算区域,对每个区域进行的每组样本进行reads表达定量,进行差异Peak的计算,筛选出差异Peak,进行临近3K注释到基因上,进行基因集富集分析。
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:Ci…
2021年7月20日,加拿大麦吉尔大学Vanessa Dumeaux和Sarah Kimmins团队在《Cell Reports》杂志发表题为“Whole-genome sequencing of H3K4me3 and DNA methylation in human sperm reveals regions of overlap linked to fertility and development”的研究论文,该研究以男性精子样本为对象,通过ChIP-seq和WGBS等技术研究了 ...
ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性...
结果显示,突变的细胞系和野生型细胞系种BAF155在基因组结合位置(peaks)还是有较大的overlap的,重点是看它们的peaks在各种基因组区域(基因上下游,5,3端UTR,启动子,内含子,外显子,基因间区域,microRNA区域)分布情况的差别,还有它们距离转录起始位点的距离的分布区别,还有它们注释到的基因区别,已经基因富集到什么通路...
2021年7月20日,加拿大麦吉尔大学Vanessa Dumeaux和Sarah Kimmins团队在《Cell Reports》杂志发表题为“Whole-genome sequencing of H3K4me3 and DNA methylation in human sperm reveals regions of overlap linked to fertility and development”的研究论文,该研究以男性精子样本为对象,通过ChIP-seq和WGBS等技术研究了 ...
利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因,欢迎关注”生信修炼手册”!通常在分析peak区域对应的靶基因时,会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域