ChIP-Seq 数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标是识别基因组中富集了感兴趣的蛋白质或特定组蛋白修饰的区域,称为峰(peaks),并分析其功能意义。ChIP-Seq 数据分析可以提供有关转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他 DNA 结合蛋白的信息,从而揭示基因调控和细胞过程的信息。 进行Ch...
ChIP-Seq data analysis is often a cumbersome process, requiring tedious project setup and time-consuming, complicated data manipulation.Lasergene Genomicsmakes it quick and easy to set up your ChIP-Seq analysis project, by offering an easy-to-use wizard that guides you through project setup in m...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. ...
今日,来自德国美因茨约翰内斯古腾堡大学生物学院的研究团队在著名期刊《Nucleic Acids Research》发表题为“Computational identification of cell-specific variable regions in ChIP-seq data”的文章,报道了一种可重复性评分的新方法。 论文截图 标准ChIP-seq实验通常包括实验设计中的复制测量,以便有适当的统计能力来识别...
1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file ...
1. Data 今天我们将继续回顾我们在上一次研究的 Myc ChIPseq。 这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 我按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的峰值调用。
ChIP-seq Data 文章从数据质控,比对,peak calling,peak注释,motif分析都给出了注意点,值得一读 论文从数据的质控到最后的peak注释都给了很多说明。 2,硕士论文 基于ChIP-seq全基因组识别毛竹笋尖与鞭笋尖组蛋白修饰位点 文章使用了组蛋白修饰做了chip-seq,从实验流程到数据分析,详细。值得一看。特别是MACS的使用...
peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互...
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....