翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需7小时),起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是蛋白质-DNA互作研究技术的又一颠覆性创新。 1.更高的文库质量。 图6. 文库质检图 2.数据质量好。 图7.测序数据对比图 3.更高的信噪比 图8.信噪比...
1. CUT&Tag 具有更好的信噪比和更低的背景: Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
蛋白和DNA互作的研究手段包括ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq、以及反向酵母单杂),当然目前也有包括CUT&RUN、DamID等技术同样可以用于研究转录因子结合位点,在这里我们先介绍较为常见的几种。 1、ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq都是利用高通量测序技术去获得转录因子与DNA互作的信息。 (1)C...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
CUT&Tag与ChIP-Seq及CUT&RUN比较 [2] 2 信噪比更高 细胞需求量大大降低 CUT&Tag在peak区域展示出远高于ChIP-Seq和CUT&RUN的信号强度,且背景远低于ChIP-Seq。同样由于pA-Tn5酶的使用,CUT&Tag技术可同时完成对目标区域DNA的片段化和测序接头添加,并将片段化产物...
实验证明,CUT&Tag可以用于单细胞测序,而这是百万级细胞起始量ChIP-Seq技术所不能实现的。多篇文章表明CUT&Tag技术在单细胞测序方面有很好的应用。CUT&Tag技术在进行单细胞实验时需要搭建相应的平台,如10x genomics等,当然也可根据实际情况,自行搭建单...
CUT&Tag 技术优势 作为新一代研究蛋白质与DNA互作的方法,CUT&Tag与ChIP-Seq相比具有一些显著优势。 CUT&Tag vs. ChIP-Seq 起始量低 在最早的CUT&Tag文献中,研究人员用了60个细胞来分析整个基因组中的H3K27me3基因谱。 之所以能用如此低的细胞数,是因为pA-Tn5可以直接在抗体结合位点切割DNA,不需要染色质制备...
研究者们做了棉花材料的表观测序,主要是比较最新的技术 cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag)和以前的 chromatin immunoprecipitation with sequencing (ChIP-seq) 技术,结论是 CUT&Tag技术实验流程更快,对peaks的分辨率更高,而且背景噪音更小。
图3. 左图:CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq三种方法分析H3K4me1组蛋白修饰:CUT&Tag在识别染色质特征时最有效,能够给出ChIP-Seq无法读出的信息;右图:peak-Calling的对比,使用默认参数调用每种方法上的峰值,结果显示CUT&Tag比CUT&RUN、ChIP-seq或ATAC-seq有更高的信号。(见文献) ...
ChIP-seq作为研究蛋白质与DNA互作的经典技术，迄今为止仍然被大多数的客户在使用且在文章见刊。但是CUT&Tag作为该研究的新秀，也是崭露头角，光芒正盛。当然，小翌觉得CUT&Tag技术这个新秀光芒正盛，是自身实力也有市场发展需求的影响。CUT&Tag技术于2019年问世，问世以来，受到热捧。但是最初，CUT&Tag技术有被质疑，...