二:chip-seq的操作流程(粗略): (1)交联:通过添加交联剂将蛋白质与染色质中的DNA交联在一起,固定它们的相互作用状态。 (2)细胞核提取:提取细胞核,然后细胞核膜被打破,释放核内的染色质。 (3)染色质免疫沉淀:使用特异性抗体结合到目标蛋白质上,然后通过蛋白质A/G磁珠等手段将蛋白质-染色质复合物沉淀。 (4)...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
本次实验的目的是使用ChIP-seq或者ChIP-qPCR的方法,通过在目的细胞中运用针对目标蛋白的抗体把相应的DNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化并对结合在复合物上的DNA进行测序或qPCR分析,寻找目标蛋白互作的DNA分子,或在不同遗传背景或处理条件下的互作变化。专业的研究方案、严格的质控、科学的数据分析,为互作机制提供...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要明确Chip-seq分析的目的以及所需的数据和工具。Chip-seq是一种用于研究染色质上与蛋白质结合的区域的技术,通过该技术可以对转录因子、组蛋白修饰等进行定位和研究。本文将介绍基本的Chip-seq数据分析流程,并提供相应的代码。
关于环境配置和软件安装请参考我之前的RNA-seq分析流程 --- 1软件安装及环境配置 2 sra数据下载(采取aspera下载) cd/mnt/f/Data/chip_seq/datafor((i=204;i<=209;i++));doascp-QT-v-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sr...
本文将介绍Chip-seq实验的基本流程和分析方法,以及其在生物学研究中的应用。 第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质...