还有一种叫做ChIP-Seq试剂盒,这种试剂盒一般包括ChIP反应和文库构建,仅需将构建好的文库交给公司进行测序即可。
针对这个问题,一方面通过 buffer 条件优化,提供高灵敏 ChIP 试剂盒,最少可用 1000 个细胞进行 ChIP 实验。另一方面,也提供低细胞量的 ChIP-Seq 服务,对于高丰度目标蛋白(如组蛋白修饰)仅需 10000 个细胞;对于低丰度目标蛋白(如转录因子),仅需 50000～500000 个细胞。 如何对 ChIP-seq 进行精确定量? 我们的研究...
从ChIP-seq库在正负链之间的不同偏移值的互相关联值的绘图。 图中的峰值给出了平均片段长度,在这种情况下可能是150 bp左右,但只有在我们假设低偏移量的相对高相关性表明技术问题的情况下。需要考虑的一个重要问题是,在非常低的偏移量上经常存在一个幻峰,这可以看作是由于...
将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确...
对于纯化后的DNA, 可以通过与其它实验结合进行深入分析。若研究特定目的基因的结合情况, 可以采用定量PCR, 以给料对照作为参照, 设置合适的PCR 体系及程序, 分析DNA的富集程度; 若结合二代测序技术进行ChIP-seq, 可以参考DNA文库构建试剂盒 (NEB, Cat No.E7645)进行建库、测序并分析DNA结合情况。
随着样本的增加,实验人员可以通过增加多个生物学重复控制个体差异造成的影响来提高实验结果的可信度。然而,由于ChIP-seq实验固有的高复杂度和高噪声水平,以及不同比较场景所特有的技术困难,现阶段对多样本ChIP-seq数据进行分组定量比较仍然是一个巨大的计算方法学挑战。
该模型能够对多样本ChIP/ATAC-seq数据按照特定标签分组进行统计建模和组间定量比较,可靠地在样本组层面鉴定组间显著差异的ChIP/ATAC-seq信号。 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验被广泛用于刻画转录因子结合和组蛋白修饰的全基因组分布。比较来自不同细胞类型的ChIP-seq样本是刻画细胞分化和病变过程中动态转录和表观...
No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质...
ChIP-Seq其实就是利用高通量的手段去研究某个转录因子等蛋白与DNA互作的结果，在整个基因组的水平上去看...