其利用ChIP(chromatin immunoprecipitation)-seq、TBS(Targeted Bisulfite Sequencing)、WB、RT-PCR等一系列实验探究HOXD1转录因子在小细胞肺癌的作用及其调控机制。
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向： 1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况，以剖析表观遗传特征和生物学功能；2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点，解析该转录因子作用的通路信息；3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱，核小体定位在转录调控，DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用；4、ChIP-s...
Chip(染色质免疫沉淀)技术被用于鉴定蛋白质与 DNA 的相互作用。因此,当前的 Chip-Seq 研究主要涉及两大类应用:转录因子的调控和组蛋白的修饰。 转录因子调控 在分子生物学中,转录因子(Transcription factor,TF)是能够结合在某基因上游 5’端特异序列上的蛋白质,它作为反式作用因子(能直接或间接地识别或结合在各类...
本研究绘制了转录因子PhoB在大肠杆菌基因组中的结合,揭示了大多数PhoB结合位点都位于基因内。分析结果表明,基因内PhoB结合位点与重叠基因调控无关。数据揭示了细菌可以耐受大量非调控性基因内转录因子结合位点的存在,且这些结合位点不受选择性压力影响。 研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的...
研究摘要: NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分...
本研究绘制了转录因子PhoB在大肠杆菌基因组中的结合,揭示了大多数PhoB结合位点都位于基因内。分析结果表明,基因内PhoB结合位点与重叠基因调控无关。数据揭示了细菌可以耐受大量非调控性基因内转录因子结合位点的存在,且这些结合位点不受选择性压力影响。 研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对...