◆ BAM:BAM(.bam)文件是SAM文件的二进制版本,SAM文件(.sam)是一个包含序列比对数据的制表符分隔的文本文件,IGV也支持BAM格式。值得注意的有两点,一是BAM和SAM都得按位置排序并索引,排序和索引可以用igvtools完成;二是参考基因组和SAM/BAM的染色体名称必须一致(很多人很容易忽视这点,导致文件导入后没有图像,只是...
获得了peaks之后我们导入IGV检查。 1 deeptools初探 ##安装 conda install -c bioconda/label/cf201901 deeptools bamCoverage的基本用法 source activate chipseq bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文...
图5 有代表性的H3K4me4信号的IGV截图 综上所述,Tao等对Steven Henikoff团队研发的CUT&Tag技术进行改进,打破植物细胞壁、大液泡和次生代谢产物的壁垒,使其能够广泛应用于植物染色质的释放。CUT&Tag与传统的ChIP-Seq相比,操作简单,所需时间短,且所需细胞少,能产生高分辨率信号,且背景噪音低,这些优点奠定了不久的将...
ATAC-seq中的峰,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 ATAC-seq有一个特点:两个接头置换出来的有可能是开放性染色质的区域,也有可能是转录因子上的DNA序列。这一点从上图中就可以看出来。所以在ATAC-seq的峰中,既有对应开放性染色质的,也有对应核小体的DNA片段上的。 ATAC-seq的实验流程...
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平,我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等,而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下,基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。
ChIP），是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在...
本节展示了ChIP-seq数据的质量: 比对情况 测序深度 组内重复性 peaks数量、长度分布 peaks中reads的数量百分比 ... 2.3. Reads 在全基因组的可视化分布 使用IGV 软件对 Reads 进行可视化查看,可以查看全基因组任何感兴趣位置的 reads 富集情况,示例如下: ...
ChIP-Seq数据分析(SE型)使用fastqc,trimmomatic,bowtie,samtool,macs2,bedtools,IGV ChIP-Seq数据分析笔记 1.数据预处理(FastQC分析和Trimmomatic处理) 以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-60011/samples/...
1.ChIP-Seq的测序原理是什么？ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀技术与第二代测序技术相结合，能够高效地在...