## [1] "# Command line: callpeak -t Sorted_Myc_MEL_1.bam -n Mel1 -c Sorted_Input_MEL.bam" ## [2] "# ARGUMENTS LIST:" ## [3] "# name = Mel1" ## [4] "# format = AUTO" ## [5] "# ChIP-seq file = ['Sorted_Myc_MEL_1.bam']" ## [6] "# control file = ['...
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Callpeak原理: 在ChIP-Seq数据分析中,callpeak(峰值调用)是一个关键步骤,用于识别蛋白质与DNA结合的显著区域。这些区域通常表现为测序读数的富集,即所谓的“峰”(peaks)。 峰值调用的原理基于统计模型和算法,对测序数据进行扫描和分析,以识别相对于背景信号显著富集的DNA区段。通常,这些算法会考虑测序深度、基因组上...
Callpeak是一个用于识别ChIP-seq数据中蛋白与DNA结合位点的算法。其主要目的是从测序数据中识别出富集的区域,即可能与特定蛋白结合的DNA序列。 Callpeak的原理是通过对ChIP-seq数据进行统计学分析,识别在基因组中具有高富集性的区域。这种高富集性可能是由于特定蛋白在该区域与DNA结合,或者其他生物学过程所导致的。
1. 数据 今天，我们将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的...
1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file ...
我们用的MACS2来进行call peak的。 我的样本是:input,CK,treatment ===首先肯定是比对得到bam文件=== ===下面就是call peak了=== macs2 callpeak -t treatment.sort.bam -c Input.sort.bam -f BAMPE -g 2.1e9 -n treatment -B -q 0.05 macs2 callpeak -t CK.sort.bam -c Input.sort.bam -f...
注意一些软件会对python版本起冲突,一般专门建立一个python2环境以运行在默认python3环境冲突的软件(比如rnaseq rnaseq2环境之类)。最好在base环境只安装自己有把握不冲突的软件。 2 比对,去除PCR重复 2.1 对质控后的序列进行比对 ##进入align目录 bowtie2_index=/home/kaoku/project/fly/refer/bowtie2-index/BD...
关于ChIPseq/DAPseq 数据分析,前面有推送过两三波。早前,我也推过一个 TBtools 的 MACS2 GUI Wrapper 插件,支持在 Windows 下进行 Peak Calling 等操作。不过那个插件是,稳定性不清。然而,前后还是有不少朋友问及是否可以支持一下,原因在何? 公共发表数据,往往发表论文只会提及一两个 Peak 的位置,并不会给...