但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
表1:ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋白修饰ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP-seq分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会干扰分析,因此应使用多种抗体验证ChIP-seq结果。 虽然大多数ChIP-seq工具都是针对...
通过对ChIP-seq数据进行系统化的生物信息学分析,我们能够获得如下结果: 1)通过检测疾病相关转录调控原件确定该转录调控原件的下游靶基因集合或观察病灶部位内部的表观遗传状态异常; 2)比较疾病样本和正常样本中转录调控原件在染色体上结合位置的差异,选取疾病特异性的转录调控原件结合位点,观察这些位点周围的基因,缩小候选...
对ChIP测序(ChIP-seq)数据的分析显示了×20的基因组覆盖深度。 绘制基因组上每个位置的序列覆盖范围,以确定拟南芥基因组中的峰。基因区域的峰分析表明,大部分序列峰位于翻译起始位点上游的1.5kb区域,包括5'-UTRs和启动子区域。去除阴性对照中序列峰相似的基因后,在84个基因的内含子、60个基因的3'-UTRs和1902个...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 ...
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后,我们将希望将我们的读取与基因组对齐,以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。 由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。
1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq 技术实际存在一定的缺陷,例如甲醛交联。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂,但由于其反应活性仅限于胺,因此其交联效率较低;对哺乳动物细胞而言,其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量...
2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。
1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。可以使用fastqc工具进行质量控制。 #运行fastqc命令fastqc -o output_dir input.fastq.gz 1. 2. 这里需要将"output_dir"替换为输出目录的路径,"input.fastq.gz"替换为原始测序数据的路径。FastQC会生成一个HTML报告,其中包含了质量评...