此文为Chip-seq报告的解读文件: 以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息 结果解读位于每一小节末尾 1. 工作流程 染色体免疫共沉淀(ChIP)是一种用于研究蛋白质与 DNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀,由此可以把目的蛋白所结合的基因组 DNA 片段也富集下来。通过与高通量测序技...
参考文献:Zeb1 potentiates genome-wide gene transcription with Lef1 to promote glioblastoma cell invasion 看来ChIP-seq报告中的每一张图都值得我们好好利用呢。我们对ChIP-seq报告的解读就到一段落了,想回顾往期内容可以点击下面的链接: ChIP测序报告中的图...
超级增强子(SEs, Super-enhancers )鉴定分析:可以找到影响转录水平异常增加的一系列表观水平的相互作用区域 核心调控网络(CRC, Core transcription regulatory circuitry )分析:可以从SEs中通过调控网络关系找到的核心影响转录因子 1.1.1. chip seq 报告解读 我们的Chip-seq分析报告展示: 分析案例: 染色质免疫共沉淀测序...
1)作者通过ChIP-seq鉴定出PIF7和bHLH60共同结合的靶标基因(下左图),motif分析显示二者具有相似的DNA结合序列(下右图)。 2)ChIP-seq peak分析显示PIF7和bHLH60的peak分布占比(下图F和G)显示蛋白主要结合在promoter-TSS区域,PIF7和bHLH60同时结合在共同...
新手,刚做完一个ChIP-Seq项目的分析,来记录一下,会分好几篇。 首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clean的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: ...
ChIPseq 中的一个潜在噪声源是 ChIPseq 库在 PCR 步骤中的过度放大。这可能会导致大量重复读取,从而混淆峰值调用。 complexity 2. 重复 我们应该比较样本之间的重复率,以确定任何经历过度放大的样本,从而确定复杂性较低的可能性。 flattagcounts() 函数报告可以报告重复的数量和总映射读取,因此我们可以从那里计算我们...
ChIP-seq案例报告 1.分析流程 染色质免疫共沉淀测序 技术是将染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与新一代测序技术(NGS)相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段。利用该种技术,通过将测序结果精确定位到基因组上,研究人员可获得全基因组范围内与组蛋白、转录...
深入探究BCL6的调控机制:利用ChIP-seq、RNA-seq等高通量测序技术,结合生物信息学分析,全面解析BCL6在骨骼肌中的调控网络和靶基因。这将有助于我们更深入地理解BCL6在肌肉发育和分化中的分子机制。 构建动物模型验证功能:通过基因编辑技术构建骨骼肌特异性BCL6敲除或过表达小鼠模型,观察其对肌肉发育、分化、代谢及功能...
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams ...
因为早就有各种文献说明了SWI/SNF(BAF) chromatin remodeling complex染色质重构复合物在癌症的重要作用, 所以作者也很自然想探究BAF155在癌症的功能详情,这里作者选择的是ChIP-seq技术。BAF155是作为SWI/SNF(BAF) chromatin remodeling complex 染色质重构复合物的一个组分,必然可以直接或者间接的结合DNA。