一、chip-seq的原理: 二:chip-seq的操作流程(粗略): 三、chip-seq的分析流程(粗略): 四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
# 需要先创建clean文件夹并进入,这样有助于不同文件的归类 path="/home/lm/Z_Projects/chipseq"# 可以cd路径或者手动cd # cd ${path}mkdir clean ls./fastq/*.gz |while read fq_res do nohup trim_galore -q 25 --phared33 --length 35 -e 0.1 --stringency 5 -o $path/clean $fq_res & do...
ChIP-Seq 是一种可用于研究基因组中蛋白质与 DNA 的相互作用和表观遗传变化的技术。 工作流程 ChIP-Seq 的工作流程包括ChIP(染色质免疫沉淀)和Sequencing(测序)两部分: ChIP 交联(Cross-linking):首先,通过添加甲醛等交联剂,将细胞中的蛋白质与 DNA 交联在一起,形成稳定的蛋白质-DNA 复合物。
Chip-seq技术的流程包括以下步骤: 1. 样品制备 样品制备是Chip-seq实验的第一步。样品可以是细胞、组织或DNA-protein复合物。样品制备的关键是保持样品的完整性和质量。对于细胞和组织样品,需要进行细胞裂解和核提取;对于DNA-protein复合物,需要进行交联和裂解。 2. 免疫共沉淀 免疫共沉淀是Chip-seq实验的核心步骤...
第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质样品一起孵育,使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与特定蛋...
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
CHIP-seq技术是一种用于研究基因组区域与蛋白质相互作用的实验方法，其流程分为实验操作和生物信息分析两个步骤。首先，实验操作包括：步骤一，使用甲醛将细胞（或组织）固定，使目标蛋白与染色质结合；步骤二，分离出基因组DNA，通过超声波将其打断成可测序的片段；步骤三，添加特异性抗体，形成免疫沉淀...