1、 关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq1)染色质:真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质,这种物质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体),主要由DNA和组蛋白构成,也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色,所以称为染色质。在细胞的有丝...
Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。 利用特异性抗体识别组蛋白,可以沉淀带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物,进而提取出组蛋白结合的 DNA。通过进行测序分析,我们能够了解组蛋白在染色体上的分布模式,进而识别出组蛋白修饰的特定位点,并可能确定组蛋白修饰酶的作用靶标。Histone Chip-seq 一般与...
诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
组蛋白ChIP-seq研究有2种思路:组蛋白修饰功能未知,根据ChIP-seq识别的序列信息,来推测这种修饰的功能;组蛋白修饰功能已知,利用ChIP-seq识别这种组蛋白修饰标记的特定基因和区域,进一步研究这些基因或区域的功能。另外,组蛋白修饰并不是单独发挥作用影响基因的表达,所以大部分组蛋白ChIP-seq会联合多种组学技术,从多个方向...
ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染...
研究揭示了组蛋白去甲基化酶OsJMJ718介导靶基因上的H3K9me3去甲基化影响ABA和乙烯信号转导途径调节水稻种子萌发。爱基百客为该研究提供了ChIP-seq的技术支持。 01 研究背景 水稻是重要的粮食作物,对粮食安全至关重要。种子活力对水稻出苗率、出苗均匀性、幼苗生长、作物产量和播种后的质量有显著影响。研究种子活力的...
全基因组染色质免疫沉淀测序实验(ChIP-seq)显示,H3K36ac峰位于基因的5'端,主要位于转录起始位点远端的两个核小体上,与基因长度无关。 对于上面的这些结果,具体解析如下:作者首先利用质谱鉴定了lys36是新的乙酰化位点,接着为了验证和扩展质谱结果,作者利用PAGE分离拟南芥花序组蛋白提取物,并用抗H3K36ac的抗体进行...
ChIP-Seq 已成为一种稳健、常规和全面的技术,用于研究和测量整个基因组中的各种翻译后组蛋白修饰。 这些修饰,包括甲基化、 乙酰化 、磷酸化和泛素化,都是基因组功能和保持其完整性的关键。 它们有助于沉默转座因子,并在发育过程中调节某些基因。 不正确的修饰位置可能导致不健康的细胞表型,包括在衰老过程中看到的...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...