在表观研究领域,有两大经典测序产品经久不衰,一直是广大科研工作者的发文利器,即染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和全基因组甲基化测序(WGBS)。这两种常用的高通量测序技术,在分子生物学和遗传学研究中有着广泛的应用领域,包括疾病的发生发展、胚胎发育、癌症研究和动植物性状研究等。 诺禾致源一直以助力客户发文为...
另外,在之前的文章中给大家介绍的关于ChIP-seq的应用还包括检测DNA的甲基化,但是小远找了很久没有找到相关的文献,对于检测DNA甲基化的研究用到的方法包括:亚硫酸氢盐修饰后测序法(BSP)、亚硫酸盐修饰后的限制性内切酶法(COBRA)、甲基化特异性的PCR法(Methylation-Specific PCR,MSP)、NGS甲基化测序法、HRM(高分辨率...
1、 关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq1)染色质:真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质,这种物质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体),主要由DNA和组蛋白构成,也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色,所以称为染色质。在细胞的有丝...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...
大家介绍的关于ChIP-seq的应用还包括检测DNA的甲基化,但是小远找了很久没有找到相关的文献,对于检测DNA甲基化的研究用到的方法包括:亚硫酸氢盐修饰后测序法(BSP)、亚硫酸盐修饰后的限制性内切酶法(COBRA)、甲基化特异性的PCR法(Methylation-Specific PCR,MSP)、NGS甲基化测序法、HRM(高分辨率熔解曲线)法和焦磷酸...
作者采用全基因组方法,进行RNA测序(RNA-seq)分析和不同环境温度下植物的H3组蛋白36号赖氨酸三甲基化(H3K36me3)的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)。对这些数据集的分析和比较表明,温度诱导的差异剪接基因在H3K36me3中富集。此外,作者发现H3K36me3沉积的减少会导致温度诱导的选择性剪接的改变。
2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从...
2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从...
本研究结果显示BRWD3敲除不仅会导致H3K4me1水平增加,还会导致H3K4me 水平降低,表明BRWD3对H3K4甲基化的影响具有广泛性。通过免疫沉淀结合定量质谱分析鉴定出BRWD3与H3K4特异性组蛋白去甲基化酶5(KDM5/Lid)之间的相互作用,KDM5是一种从H3K4中去除三甲基和二甲基标记的酶。此外染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)数据分析...
图4:人类精子中H3K4me3和DNA甲基化谱 H3K4me3 peaks和DNA甲基化之间的重叠显示在基因组浏览器快照中,显示了HOXA发育基因簇(A)的ChIP-seq轨迹(蓝色)、MACS2 calling的H3K4me3 peaks(深蓝色)、WGBS轨迹(黑色)、CpG岛位点轨迹(红色,UCSC)和GC百分比热图(蓝色,低GC %;白色,50% GC;红色,高GC %),染色质修饰蛋白ARI...