将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 使用MACS软件通过一定的算法原理,在测序比对结果中识别出有意义的peak。ChIPseeker包的作用就是对这一步产生的peak进行注释和分析,并且进行可视化。 ChIPseeker包的另一个强大之处在于它的通用性,可以...
ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化,下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。 操作步骤 把所有sample_peaks文件放在工作路径下,格式为 #安装程序 #source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("ChIPseeker") #biocLite("TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28")...
染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq) 是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。和芯片技术相比,与NGS结合的CHIP-seq具有分辨率高、噪音小…
DROMPAplus: 一个用于 ChIP-seq 分析的流水线工具,可以满足各种需求,包括质量检查、分析和多个 ChIP 示例的可视化。 Installation — DROMPAplus 1.4.0 documentation image.png 下载安装DROMPAplus软件的docker docker pull rnakato/ssp_drompa docker run -it --rm rnakato/ssp_drompa drompa+ 进入到这个docker...
使用deeptools进行可视化 官方文档见http://deeptools.readthedocs.io/en/latest/index.html 以下引自deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化(http://www.bio-info-trainee.com/2136.html) 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw ...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标后,reads分布的可视化检查可以有效直观地评估和分析所获得的数据。可以使用交互式可视化工具,如IGV或 SeqMonk。几个web服务器(如UCSC genome browser和WashU Epigenome browser)可以将获得的ChIP-seq结果与其他注释数据关联分析,如进化保守性和各种组织中的基因表达。
上面的批量代码其实就是为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,也就是需要用到computeMatrix计算,用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 这里我只跑了2K的批处理,看一下结果: (chipseq2) root 15:59:23 /home/kaoku/chipseq/mouse_project/tss $ ls -...
在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标后,reads分布的可视化检查可以有效直观地评估和分析所获得的数据。可以使用交互式可视化工具,如IGV或 SeqMonk。几个web服务器(如UCSC genome browser和WashU Epigenome browser)可以将获得的ChIP-seq结果与其他注释数据关联分析,如进化保守性和各种组织中的基因表达。 (8)归...
这是DROMPA的更新,DROMPA是一种ChIP-seq管道工具,可满足各种需求,包括质量检查,归一化,统计分析和多个ChIP-seq样本的可视化。DROMPA可用于任何基因组序列可用的物种,并已应用于人类小鼠,鸡和酵母的各种ChIP-seq研究。它以传统的PDF格式输出可视化,这对于许多用户来说是可取的,...