在数据分析过程中,因为所有和测序相关的步骤可能都会含有reads quality control和mapping,下面直接从ChIP-Seq特有的peak calling 步骤开始阐述。 peak calling peak finders是指用于ChIP-Seq数据分析的软件包,一般常用来detect染色体区域上的特征峰,peak calling的步骤主要使用peak finders来完成。 ...
peak finders是指用于ChIP-Seq数据分析的软件包,一般常用来detect染色体区域上的特征峰,peak calling的步骤主要使用peak finders来完成。 一般的peak finders含有5个组成部分(下面的这张图的阐述是很形象的): 1) 染色体上信号波形的定义; 2) 建立背景校正模型; 3) 建立搜索peaks的准则,即建立判断怎样可以是一个peak...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。 针对ChIP-seq这4个方面的应用,为了让大家能更好地理解文献举例里面的内容,小远决定在这里先给大家把基础打牢,如果不清楚基本概念,那么有些实验结果可能会比较难理解,所以...
最开始,ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列(称为ChIP-chip)进行杂交,以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而,随着DNA测序技术的快速发展,与DNA测序技术相关的研究日益深入 ,发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChI...
最开始,ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列(称为ChIP-chip)进行杂交,以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而,随着DNA测序技术的快速发展,与DNA测序技术相关的研究日益深入 ,发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChI...
空白对照::空白对照是必要的,存在很多假阳性情况,举例:1. 开放的染色体区域更容易被打断成片段,这样导致tag数在基因组上的分布是不均匀的;2.很多重复序列会使做map的时候得到结果难以解释。空白对照的用途:可以判断由ChIP-Seq得到的peak时候具有统计上的显著性。
举例: image.png 293是细胞系 chip-seq是数据类型 control是对照 rep1是重复1 R1是PE测序的read1文件 fasq是文件类型 gz是压缩文件 2,质控 fastqc 可以把建立文件夹,质控等步骤的命令写在一个bash文件内,一起执行 3,比对 重点学习这部分,批处理脚本 ...
ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。
我很早以前想自学CHIP-seq的时候就关注过这篇文章,那时候懂得还不多,甚至都没有仔细看这篇文章就随便下载了数据进行分析,也只是跑一些软件而已,这次仔细阅读这篇文章才发现里面的门道很多,尤其是CHIP-seq的实验基础,以及表观遗传学的生物学基础知识,我有时间一定要把这篇文章翻译一下。学习这篇文章前一定要温习一些...