ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
虫号: 2587591 注册: 2013-08-08 性别: GG 专业: 生物化学 【答案】应助回帖 1. 我的理解是，...
Active Motif提供一些现成的经过验证的ChIP-qPCR Control Primer Sets(如下图),可以作为阴性对照引物或阳性对照引物直接使用,也省去各种检验的麻烦,更多产品信息可登陆官网查看或联系我们咨询。 04 如果您缺乏相关的ChIP-Seq数据作为参考,仍然有一些小的技巧可以帮助您设计引物。 看看你买ChIP抗体的公司网页,是否有ChIP...
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提供ChIP-qPCR或 ChIP-seq 的数据。 ChIP 实验的成功取决于染色质的片段化, 这是ChIP 实验步骤中的关键一步。 通过超声处理或酶消化可完成这一步。 但您如何决定在您的 ChIP 实验中使用哪种染色质片段化实验步骤呢? 有许多因素会影响您的选择, 做出这个决定似乎会令人纠结。
超过700的基因有 RYBP/Cbx7/Ring1B的peaks,所以作者敲除Cbx7 看看 RYBP的peaks是否会变化,但是没有做CHIP-seq,只是做了ChIP-qPCR。 最后,文章的以下结论很重要: Overall, our ChIP-seq analysis allowed us to identify five types of genes according to the occupancy of PRC1 and PRC2: those with ...
CUT&Tag®4.0 试剂盒不仅兼容建库测序,还兼容 qPCR 检测,实验结果相互佐证,均可获得良好的实验结果。 实验数据展示: 图2. CUT&Tag®4.0 产品交联与非交联测序数据结果展示 结果表明:对于转录因子而言,利用高浓度甲醛交联处理后,实验获得的 peak 数更多,背景更低,信噪比更高。
好像还要下载一个库 然后里面就有配对的gene ID之类的 代码处理一下 JaneTina0903 我看视频学的哇,直接用R提取表达矩阵也是空的,没有sample,但我的终极目的是想将GEO的数据转化成IGV格式,到现在都没摸到这个门路😢uu有接触过igv吗 赞 回复 哦对 2022-04-30 09:07:17 ...IGV是需要bed和bigwig文件...
QPCR或者高通量测序的方法检测IP得到的DNA。 七、常见问题 常见问题 常见原因/解决办法 阴性对照(IgG IP)样品的背景高 1、优化抗体的浓度,过量抗体导致非靶点的结合; 2、与微珠的非特异结合:采用预纯化步骤,以排除这些非靶点,或加入微珠的封闭剂; 3、染色质的不完全断裂:优化断裂过程,以获得长度在200-1000bp的...
通过qPCR的方式对该位点进行检测,两种抑制剂处理之后都检测到了H3K27me3的降低。然而对建库之后的样本进行qPCR检测却检测不到变化。这说明ChIP-Seq检测不到变化很有可能是建库过程引起。文库构建需要PCR扩增,导致不同样本之间的真实差异发生变化。抑制剂处理的样本免疫沉淀下来的DNA量是少于未处理样本的,但是建库之后,...