最后我们会统一稀释到1ng/ul的浓度去跑qPCR,做qPCR定量的时候会得到三组样的CT值。最后我们是用% of input去作图的,如下当input为5%时: 那这里我们将这个模板也分享给大家,只要修改这三组的CT值就可以,自动出结果,自动出图: 如果我们input为2%,那万...
在进行ChIP-qPCR结果分析时,需要关注引物设计、实验过程以及数据分析等多个环节。以下是一个详细的分析指南: 一、引物设计验证 设计依据: 如果有参考文献提供的引物序列,优先使用这些已验证的引物。 如果没有可用的文献信息,可以利用已发表的ChIP-Seq数据来设计引物。选择通过质控指标的数据,并在UCSC等平台中查找ChIP-...
第2步的作用是计算每个样品的富集倍数,也就是抗体拉下来的DNA的量,和input相比,百分比是多少;3-4步是指向对于阴性对照(IgG)来说,目标蛋白的抗体来下DNA是多少倍于IgG拉下来的背景值;5-6步是计算两个样品之间的比值的。 qPCR的...
ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; 3、对部分染色质进行目标蛋白抗体的孵育与磁珠富集,解交联后纯化DNA,即为IP;同时,...
用ABCAM的试剂盒做的ChIP, 超声破碎后取5ul作为input, 取100ul上到每个抗体。qPCR用了45个循环。
qPCR和Seahorse实验的院内遴选工作,现将相关结果公示如下: 一、项目编号:HLGYLJD2021-01 二、项目名称:CHIP-qPCR和Seahorse实验 三、申请部门:国家药物临床试验机构 四、成交单位:北京万圣达运科技有限公司 五、中标金额:¥152500元(大写:壹拾伍万贰仟伍佰万元整) 对以上成交结果有异议的,可在公示期内以书面形式...
问题描述:ChIP实验结果易受主观判断影响,难以准确解读。 解决方案:结合生物学背景,设定合理的阳性与阴性对照。采用定量分析方法(如qPCR、ChIP-seq)获取更客观的数据支持。同时,多组重复实验增强结果的可靠性。 问题六:数据间难以比较 问题描述:不同批次或实验室间的ChIP数据难以直接比较。
ChIP-qPCR 的评价 qPCR结果计算出来以后,我们还需要进一步比较阳性、阴性对照相对input富集丰度及目的信号相对于阳性、阴性对照富集丰度的倍数。经过成千上万次的ChIP-qPCR,CST 科学家给出了Q-PCR标准质控: 1)组蛋白H3阳性对照相对input富集丰度正常值在1%-5%左右; ...
ChIP-qPCR数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...