科研服务:qPCR、表观实验、代谢组学、蛋白组学、质谱实验! 阅读全文 ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 数据科学工厂 欢迎关注同名公众号“数据科学工厂”,获取更多资讯。 1. 基因注释到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标...
ChIP,全称的意思是染色质免疫共沉淀——换种说法,就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质,我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。 1. 为什么要用甲醛交联? 甲醛交联是 ChIP 实验非常关键的一个步骤。因为甲醛交联能更好的保存蛋白与 DNA 的相互作用,除了用于检测组蛋白修饰分布的 Native ChIP 以外,其他...
但是这个抗体自身产生的非特异富集是可以通过实验手段进行干预去除,所以爱基百客的IgG富集后纯化的DNA浓度会特别特别低,建库几乎会失败。这就表明IgG几乎不存在背景干扰,所以我们是不建议做IgG富集(当然,如果要做的是ChIP-qPCR的话,IgG是一定要做的)。上一篇肿瘤研究技术 | 癌症与单细胞技术下一篇文献解读 | 调控组...
在比较线性及对应circRNAs表达丰度差异发现circHIPK3表达差异比值非常高,也就是说circHIPK3相比于其线性RNA表达丰度高很多。 第二部分:验证和特征分析 ①circRNA验证 CircHIPK3由HIPK3基因的2号外显子形成,相比于HIPK3基因产生的其他circRNAs分子表达丰度最高,qPCR检测和测序结果证实环状RNA-circHIPK3的存在。 ②...