在该步骤中,通过qPCR定量纯化的DNA产物,通过qPCR,您可以确定目标蛋白是否存在于特定位点。 ChIP的qPCR如何定量分析 ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与in...
平时做实验总是遇到踩不完的坑?这份实验protocol包含表达检测、表型验证、正反回复、实验模型,将从实验原理、实验目的到实验材料、实验步骤等方面,带你逐个击破实验难点,避免踩坑! 表型确认 表型 确认 点击领【实验必学protocol-一周入门pcr】+实验资料合集 分子机制板块包含了下游分子通路、回复实验策略、基因在细胞中...
如果你研究的是一个非常新的蛋白,完全没有任何可参考信息,那么做 ChIP 的时候加一个阳性对照的抗体来帮助检验 ChIP 的实验操作,然后直接建库测序分析数据吧。根据得到的数据再选择感兴趣的位置进一步做 qPCR 验证。 引物设计 Tips: 1. TF 结合的区域通常是启动子,UTR 这些 A/T 比例比较高的区域,因而如果设计出来...
实验中需要注意的细节很多,一着不慎满盘皆输。为了帮助大家解决实验过程中面临的重重难题,解螺旋整理了这份《酸谈实验资料包》,包含40+基础实验、8+热门实验详细教程,更有文献场景还原,猫大亲测试剂种草,全方位帮你填平实验的坑。...
(1)ChIP-qPCR (染色质免疫共沉淀定量PCR): 原理:通过特异性抗体捕获与DNA结合的蛋白质,然后通过qPCR定量特定区域的富集程度。 应用:验证ChIP-seq数据中的特定结合位点,或者在没有进行全基因组测序的情况下,检测特定区域的蛋白质-DNA相互作用。 (2)Co-IP (共免疫沉淀): ...
可以具象化，例如你取100ul染色质做IP，那你要计算的△Ct应为Ct（100ul IP）-Ct（100ul 染色质）...
我是做的植物材料果荚,做了很多次,跑胶在几百bp那里根本没有条带。前几天就想的干脆做下q试试,发现是有起峰的,关键是内参引物也被富集了,后面又换了2条内参引物,发现还是被富集到了,有uu们遇到过这种情况吗赞 回复 转发 赞 收藏 查看所有回复
我们的研究团队在对不同样本的 H3K27me3 ChIP-seq 数据比较时,发现了一个有意思的问题。通过 H3K27me3 甲基转移酶 EZH2 的抑制剂处理细胞以后,免疫印迹检测结果表明,H3K27me3 整体水平显著下降。ChIP-qPCR 也检测到很多位点的 H3K27me3 水平有明显下调。
3, ChIP级的抗体跟目的蛋白有足够强的相互作用,能够耐受高盐,低盐及多种去垢剂(比如0.1% SDS,1%Triton X-100或NP-40)的清洗。所以选择抗体时,最好选择文献报道可以用于ChIP实验的抗体,或抗体公司提供ChIP-qPCR或ChIP-seq数据的抗体。 IP的另外一个关键因素是buffer,这包括binding buffer(超声用buffer)和washbuff...
要做实验来验证啊。最简单的设计就是:过表达或是敲低这个转录因子,做一下它下游基因的表达(用qPCR)。 11、Input出暖DNA电泳条带浅是什么原因 深浅不要紧,重要的是带型,要呈弥散性的小片段就好。 12、两个技术重复样品相关性怎么评价 最简单的,算算两者之间的correlation coefficients相关性系数。越高越好。呈现...