在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂和下一代测序 (NGS) 技术便能检测和定量免疫富集的 DNA 片段。ChIP 可以用来回答大量涉及蛋白和染色质相互作用的科学问题。例如,ChIP 可用来比较某些蛋白在各位点上的存在情况,绘制某个目的基因组区域内的各种蛋白图,或定量能够在受到刺激一段时间后...
超声时需要将细胞或细胞核重新悬浮在裂解缓冲液中,选择合适的超声条件去确保染色质被打断到200-1000bp的范围,通常情况下如果DNA片段太大,一方面会影响IP效率,更重要的是会影响ChIP的分辨率;如果DNA片段太小,虽然理论上能得到更高的分辨率,但也会影响后续的qPCR和建库。 另外,除超声仪外,样品制备本身也有三个因素会...
ChIP(chromatin immunoprecipitation assay, 染色质免疫共沉淀)是研究体内DNA与蛋白结合的重要技术,主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种;其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段,ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。 先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物,并用超声波破碎DNA至适合的长度。细胞裂解后,...
其实就是DNA与蛋白交联固定(终止并固细胞当下生命活动状态),然后裂解细胞并把DNA打碎成200bp左右不等大小的片段,之后用IP级别抗体去捕获已知感兴趣蛋白,得到与其结合的DNA片段,然后将DNA进行纯化,之后可利用PCR、qPCR或者测序等技术进行分析DNA产物的分析和鉴定[15]。 (图7 ChiP流程示意图 [15]) 6 RNA结合蛋白免疫...
【结论】:作者使用RIP-qPCR的方法证明了YY1蛋白可与lncRNA Sox2ot结合 【分组解释】 YY1组:目标蛋白一抗拉取组,这里显示的都是与目标蛋白有结合的RNA片段; IgG组:IgG抗体拉取组,为阴性对照组; 最后我们来看 co-IP 原理上还是一样,先裂解细胞,之后用IP级别抗体去下拉所有可能与已知蛋白结合的蛋白,之后可利用...
RIP技术则专注于研究蛋白与RNA的相互作用。通过IP方法捕获目标蛋白，同时下拉结合的RNA片段，利用qPCR或测序等技术进行分析。一个案例展示了YY1蛋白与lncRNA Sox2ot结合的可能性。CoIP技术主要用于鉴定蛋白间的相互作用。裂解细胞后，使用抗体捕获目标蛋白，同时捕获与其结合的蛋白，通过WB或MS等方法进行分析。
【结论】:作者使用RIP-qPCR的方法证明了YY1蛋白可与lncRNA Sox2ot结合 【分组解释】 YY1组:目标蛋白一抗拉取组,这里显示的都是与目标蛋白有结合的RNA片段; IgG组:IgG抗体拉取组,为阴性对照组; 最后我们来看 co-IP 原理上还是一样,先裂解细胞,之后用IP级别抗体去下拉所有可能与已知蛋白结合的蛋白,之后可利用...
用常用语给大家描述一下上图,就是DNA与蛋白交联固定(瞬间终止并固定住细胞当下的生命活动状态),然后裂解细胞并把DNA打碎成200bp左右不等大小的片段,之后用IP级别抗体去捕获已知蛋白,顺便拉出与其结合的DNA片段,然后将DNA进行纯化,之后可利用PCR、qPCR或者测序等技术进行分析DNA产物的分析和鉴定。
2、而所谓的CoIP、CHIP、RIP的区别就在于B了。CoIP的B是一种蛋白质，CHIP是DNA，RIP是RNA。CoIP又叫...
3) ChIP-qPCR显示bhlh48*bhlh60双突变体PIF7和PIL1启动子结合减弱(下左图); bhlh48*bhlh60双突变导致PIF7对下胚轴伸长的促进作用降低(下右图); 4) 在过表达PIF7的情况下再过表达bHLH48或bHLH60可以促进光信号通路相关靶标基因的表达。 这些结果表...