最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR(ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP常规PCR后的电泳示例图片 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP荧光定量PCR结果示例 3、DNA微阵
这时,如果一定要做阳性对照,还可以采用另一个方案,使用阳性抗体histone H3抗体配合靶基因的特异性引物来做PCR,因为任何靶基因都有组蛋白的结合,所以histone H3抗体免疫沉淀下来的DNA用靶基因引物做PCR也肯定会产生阳性信号。 使用者针对目的DNA 设计适宜的特异性引物至关重要。 应当遵循以下标准设计引物: 常规PCR实验Pr...
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录...
· 实验数据的分析需考虑到实验的技术变异，包括PCR扩增效率的变异和样本处理过程中的损失。因此，实验设计中包含重复实验以及适当的负对照是必要的。· ChIP实验的结果可以直接应用于基因表达调控的研究，如分析特定转录因子在不同生物学条件下的DNA结合位点变化，揭示其在生理或疾病状态下的功能角色。· 此外，ChIP-se...
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果信号和标准差一起显示。 Input百分比法(Percent Input法) 建议采用此方法进行荧光定量PCR数据分析 简言之,这种方法的思想就是:把每次免疫沉淀获得的靶信号表述为占总Input样...
PCR结果计算 有两种ChIP完定量的计算方法: 1)双△CT法; 2)双标准曲线法。 双△CT法的特点 1. 双△CT法的一大特点是,当优化的体系已经建立后,在每次实验中无需再对看家基因和目的基因做标准曲线,而只需对待测样品分别进行PCR扩...
二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因...
Input管不需要进行免疫沉淀流程，直接进入下游PCR实验或是二代测序sequence。样本输入对照Input和抗体阴性对照IgG是最基本的实验对照。均为必做对照，因为没有对照，很难对实验结果的可靠性进行评估，也无法对下游的荧光定量PCR数据进行统计分析。一、必做对照如下 1、输入对照Input：必须设置。2、阴性对照IgG：ChIP-标准...
一般情况下,一次严格的ChIP 实验会设置阳性对照组、阴性对照组、目的蛋白组及input对照。我们通常看到普通PCR 的结果是图1这样的,这里研究了PPARγ与LPL (脂蛋白脂肪酶,lipoprotein lipase) 启动子区的结合情况。与染色质稳定结合的RNA poll-II 作为阳性对照,而ICAM-1是一个唯一定位于胞膜的蛋白,可以作为阴性对照。