最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP常规PCR后的电泳示例图片 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP荧光定量PCR...
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录...
最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: ChIP下游常规PCR的电泳结果图 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP下游荧光定...
这时,如果一定要做阳性对照,还可以采用另一个方案,使用阳性抗体histone H3抗体配合靶基因的特异性引物来做PCR,因为任何靶基因都有组蛋白的结合,所以histone H3抗体免疫沉淀下来的DNA用靶基因引物做PCR也肯定会产生阳性信号。 使用者针对目的DNA 设计适宜的特异性引物至关重要。 应当遵循以下标准设计引物: 常规PCR实验Pr...
荧光定量PCR结束后,使用实时荧光定量PCR仪的自带软件,分析定量PCR的结果。查看qPCR三大曲线:扩增曲线、熔链曲线、标准曲线(制作标准曲线计算此次扩增效率) 荧光定量PCR数据分析 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果...
一般情况下,一次严格的ChIP 实验会设置阳性对照组、阴性对照组、目的蛋白组及input对照。我们通常看到普通PCR 的结果是图1这样的,这里研究了PPARγ与LPL (脂蛋白脂肪酶,lipoprotein lipase) 启动子区的结合情况。与染色质稳定结合的RNA poll-II 作为阳性对照,而ICAM-1是一个唯一定位于胞膜的蛋白,可以作为阴性对照。
一般情况下,一次严格的ChIP 实验会设置阳性对照组、阴性对照组、目的蛋白组及input对照。我们通常看到普通PCR 的结果是图1这样的,这里研究了PPARγ与LPL (脂蛋白脂肪酶,lipoprotein lipase) 启动子区的结合情况。与染色质稳定结合的RNA poll-II 作为阳性对照,而ICAM-1是一个唯一定位于胞膜的蛋白,可以作为阴性对照。
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果信号和标准差一起显示。 Input百分比法(Percent Input法) 建议采用此方法进行荧光定量PCR数据分析 简言之,这种方法的思想就是:把每次免疫沉淀获得的靶信号表述为占总Input样...
二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因...