下面可在“Graphics”选项卡中根据需要来修改背景颜色、照明、阴影等,本例中最后获得的图片如下所示: 参考资料:1.https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/ 2.https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tutorials/binding-sites.html 版权信息 本文系AIDD Pro接受的外部投稿,文中所述观点仅代表作者本人观点,不...
一个非常简单的方法是直接在目标序列面板右键选择“Tools -> Blast Protein”进行序列搜索; 也可在ChimeraX界面的菜单栏点击“Sequence -> Blast Protein”打开“Blast Protein”面板,进行一些参数的设置,特别是当我们导入的是蛋白质的结构,对某条链进行序列搜寻时; “Blast Protein”面板中,“Database”可以选择序...
在ChimeraX中导入需要修复缺失残基的蛋白结构，设置中很多都与同源建模时的步骤一样，“Model”大多数情况都可选择“all missing structure”表示修复所有的缺失结构；也可选择“internal missing structure”只修复结构相对于相关序列的所有非末端缺失部分或者“active sequence-viewer region”修复当前的活动序列。下图为修复...
在ChimeraX中还有一种可替代MLP生成疏水表面的方法,就是对每种氨基酸都使用一个恒定的值,导入蛋白质结构后,只需要让氨基酸与对应值进行匹配着色即可。可以通过一个ChimeraX命令脚本来实现。 脚本内容如下: # # - ChimeraX command script: assign Kyte-Doolittle amino acid hydrophobicity # as residue attribute, ...
将下载好的.fasta文件导入ChimeraX软件中打开,如下图所示: 序列搜索 要构建蛋白结构,我们需要使用一个或多个模板蛋白,导入目标序列后,就需要基于目标序列进行序列搜索,如果已有模板蛋白可跳过此步。 一个非常简单的方法是直接在目标序列面板右键选择“Tools -> Blast Protein”进行序列搜索; ...
在ChimeraX中导入需要修复缺失残基的蛋白结构,设置中很多都与同源建模时的步骤一样,“Model”大多数情况都可选择“all missing structure”表示修复所有的缺失结构;也可选择“internal missing structure”只修复结构相对于相关序列的所有非末端缺失部分或者“active sequence-viewer region”修复当前的活动序列。下图为修复缺...
上期我们简单介绍了ChimeraX软件和AlphaFold预测结果的导入(点击此处阅读),本期我们将介绍如何使用ChimeraX美化蛋白结构。 01:更改背景颜色 如下图所示在ChimeraX中打开PDB文件默认背景颜色是黑色,蛋白序列是茶色。而一般需要的背景颜色是无色(白色),有三种方法可以更改背景颜色,这里我们介绍两种方法,第三种在下一小节中...
工具/原料 华硕LAPTOP-10OBQ723 Windows10 ChimeraX1.3 方法/步骤 1 双击打开ChimeraX软件，进入软件主页面；2 直接点击页面上的Open键打开一个蛋白结构图；3 随后，依次点击【Actions】-【Color】，选择自己喜欢的颜色，比如粉色；4 回到页面主页，即可发现蛋白结构的颜色就被成功更改了，操作完成！
编写一个ChimeraX命令脚本可实现这一过程。将脚本内容复制到文本文档，保存为.cxc文件。导入脚本至ChimeraX窗口中，该脚本使用Kyte-Doolittle疏水性值着色蛋白质表面，从蓝色（最亲水性）到白色到橙红色（最疏水性）。对比MLP方法和脚本着色方法生成的疏水表面，观察差异。使用脚本着色通常与MLP着色结果类似，...
Windows10 ChimeraX1.3 方法/步骤 1 双击打开ChimeraX软件，并打开一个蛋白结构图；2 对于分子量小的蛋白分子，直接点击页面上方的【sphere】选项，即可直接变成填充模型；3 而对于大分子量的蛋白分子，需要依次执行【Presets】-【Space Filling】操作；4 随后，再根据需要改成自己喜欢的颜色，这样操作就完成了！