一个非常简单的方法是直接在目标序列面板右键选择“Tools -> Blast Protein”进行序列搜索; 也可在ChimeraX界面的菜单栏点击“Sequence -> Blast Protein”打开“Blast Protein”面板,进行一些参数的设置,特别是当我们导入的是蛋白质的结构,对某条链进行序列搜寻时; “Blast Protein”面板中,“Database”可以选择序...
下面使用APBS网络服务器来生成ESP map,网站地址如下:https://server.poissonboltzmann.org/apbs在“Choose the APBS input file”选项中导入上步下载的.in文件,“Upload supporting files for the APBS input file above”选项导入上步下载的.pqr文件,然后点击“Start job”执行计算; 计算完成后,如果我们需要使用Chimer...
在ChimeraX中导入需要修复缺失残基的蛋白结构，设置中很多都与同源建模时的步骤一样，“Model”大多数情况都可选择“all missing structure”表示修复所有的缺失结构；也可选择“internal missing structure”只修复结构相对于相关序列的所有非末端缺失部分或者“active sequence-viewer region”修复当前的活动序列。下图为修复...
在ChimeraX中还有一种可替代MLP生成疏水表面的方法,就是对每种氨基酸都使用一个恒定的值,导入蛋白质结构后,只需要让氨基酸与对应值进行匹配着色即可。可以通过一个ChimeraX命令脚本来实现。 脚本内容如下: # # - ChimeraX command script: assign Kyte-Doolittle amino acid hydrophobicity # as residue attribute, ...
编写一个ChimeraX命令脚本可实现这一过程。将脚本内容复制到文本文档，保存为.cxc文件。导入脚本至ChimeraX窗口中，该脚本使用Kyte-Doolittle疏水性值着色蛋白质表面，从蓝色（最亲水性）到白色到橙红色（最疏水性）。对比MLP方法和脚本着色方法生成的疏水表面，观察差异。使用脚本着色通常与MLP着色结果类似，...
接下来，学习绘制蛋白截面图。在上一步的基础上，调整截面和表面的颜色，如按静电势或疏水性进行着色，通过“Clip”或“Clip rotate”图标进行调整。确保每个步骤与你的研究需求相符。最后，ChimeraX提供了详细的官方文档（cgl.ucsf.edu/chimerax/）和更多教程，帮助你深入理解和操作这款强大的分子可视化...
UCSF Chimera为免费软件，本例中使用的版本为Chimera-1.15，可根据电脑系统选择下载，下载地址如下：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 此外，也可下载ChimeraX，功能基本相同，命令使用上有细微差别，下载地址如下：http://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html 操作演示 本期内容为大家分享如何...
坚持自我——像个天平一样,保持平衡,不愿倾斜。像天平一样出现,又多了无数的模仿者;25年后,它还是如同天平一般存在,划分了左右两边的趋向。 这句话并不全是褒义,因为这句话意味着需要改变。 短短5 年要想改变过去,显然只是痴人说梦。 看图找到去的方式...
将下载好的.fasta文件导入ChimeraX软件中打开,如下图所示: 序列搜索 要构建蛋白结构,我们需要使用一个或多个模板蛋白,导入目标序列后,就需要基于目标序列进行序列搜索,如果已有模板蛋白可跳过此步。 一个非常简单的方法是直接在目标序列面板右键选择“Tools -> Blast Protein”进行序列搜索; ...
官网地址:https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/表面静电势是指在分子周围某个曲面上静电势的分布,我们在文献中会经常看到分子表面静电势图,不同表面区域静电势大小通过不同颜色展现,使分子表面上静电势的分布一目了然。通过静电势(ESP)对蛋白质表面着色可能有助于识别带电分子或极性分子的结合位点。正电位区域与...