由于我们使用的目标序列已有解析的蛋白结构，所以在本例中序列搜寻的结果中，排名最靠前的2W3V和2W3W为已解析的蛋白结构。这里我们就选择6UWQ为模板蛋白，选中该条目后，右键选择“Show Sequence Alignment”可打开序列比对面板；可以看到模板序列已经与目标序列对齐。类似的，选择“Load Structures”将模板蛋白导入至Chi...
下面使用APBS网络服务器来生成ESP map,网站地址如下:https://server.poissonboltzmann.org/apbs在“Choose the APBS input file”选项中导入上步下载的.in文件,“Upload supporting files for the APBS input file above”选项导入上步下载的.pqr文件,然后点击“Start job”执行计算; 计算完成后,如果我们需要使用Chimer...
在ChimeraX中导入需要修复缺失残基的蛋白结构，设置中很多都与同源建模时的步骤一样，“Model”大多数情况都可选择“all missing structure”表示修复所有的缺失结构；也可选择“internal missing structure”只修复结构相对于相关序列的所有非末端缺失部分或者“active sequence-viewer region”修复当前的活动序列。下图为修复...
在ChimeraX中还有一种可替代MLP生成疏水表面的方法,就是对每种氨基酸都使用一个恒定的值,导入蛋白质结构后,只需要让氨基酸与对应值进行匹配着色即可。可以通过一个ChimeraX命令脚本来实现。 脚本内容如下: # # - ChimeraX command script: assign Kyte-Doolittle amino acid hydrophobicity # as residueattribute, sh...
ChimeraX是一款学术、个人使用免费的生物分子可视化、生物信息程序。该软件作图效果不亚于Pymol。可以做封面级图像以及放在正文中。希望通过百度平台,让更多人使用该软件。ChimeraX可以通过点击界面完成操作,也有命令行模式。非常好用。美中不足是,该软件不支持商业使用。我上传的几个图片都是 别人分享,ChimeraX做的。
接下来，学习绘制蛋白截面图。在上一步的基础上，调整截面和表面的颜色，如按静电势或疏水性进行着色，通过“Clip”或“Clip rotate”图标进行调整。确保每个步骤与你的研究需求相符。最后，ChimeraX提供了详细的官方文档（cgl.ucsf.edu/chimerax/）和更多教程，帮助你深入理解和操作这款强大的分子可视化...
编写一个ChimeraX命令脚本可实现这一过程。将脚本内容复制到文本文档，保存为.cxc文件。导入脚本至ChimeraX窗口中，该脚本使用Kyte-Doolittle疏水性值着色蛋白质表面，从蓝色（最亲水性）到白色到橙红色（最疏水性）。对比MLP方法和脚本着色方法生成的疏水表面，观察差异。使用脚本着色通常与MLP着色结果类似，...
UCSF Chimera为免费软件，本例中使用的版本为Chimera-1.15，可根据电脑系统选择下载，下载地址如下：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 此外，也可下载ChimeraX，功能基本相同，命令使用上有细微差别，下载地址如下：http://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html 操作演示 本期内容为大家分享如何...
坚持自我——像个天平一样,保持平衡,不愿倾斜。像天平一样出现,又多了无数的模仿者;25年后,它还是如同天平一般存在,划分了左右两边的趋向。 这句话并不全是褒义,因为这句话意味着需要改变。 短短5 年要想改变过去,显然只是痴人说梦。 看图找到去的方式...
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