He C, Zhang MQ, Wang X: MICC: an R package for identifying chromatin interactions from ChIA-PET data. Bioinformatics 2015, 31:3832-3834. *ChIA-PET2这个软件我并没有测试,以上内容和图表均来自于参考文献,因为encode上的数据实在太少了,而且处理起来特别费时间,有空闲的话我会试一试。所以如果有哪位朋...
ChIA-PET2能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段,形成染色质互作环(chromatin loops)的有效便捷的工具。尽管目前已有很多用于分析ChIA-PET数据的工具,例如,ChIA-PET Tool,ChiaSig,MICC,Mango和3CPET,但ChIA-PET2有其自身的优势(下表)。 ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤,包括linker trimming,...
2017-03-21-chia-pet数据分析小介绍 1:去linker,linker长度是固定的,19bp的长度,一般分成两种,两种linker可以相互识别,分别对应。 2:比对,将去掉linker数据比对到参考基因组上 3:根据在参考基因组上位置的关系分成自连接和间连接两种。自连接的用于chip-seq分析,间连接用于确定细胞中的交互情况。
课件：6. ChIA-PET数据分析 生物信息学进展（6）ChIA-PET数据分析 李国亮2014-03-25 1 测序数据分析流程 原始数据FastQ文件1.数据预处理 数据文件FastQ文件2.序列比对 mappingfile3.数据分析 初步结果4.GOanalysis 进一步的结果 ChIP-SeqRNA-SeqChIA-PET。。。2 基因转录调控 •基因转录中，有很多因子参与调控 ...
ChIA-PET数据分析幻灯片.ppt,生物信息学进展 (6) ChIA-PET数据分析 测序数据分析流程 * 1.数据预处理 数据文件 FastQ文件 mapping file 原始数据 FastQ文件 2.序列比对 初步结果 3.数据分析 进一步的结果 4. GO analysis ChIP-Seq RNA-Seq ChIA-PET 。。。 * 基因转录中,
该ChIA-PET数据库平台包括以下内容:1)ChIA-PET染色质远程交互数据及峰值数据存储,2)处理后数据的基本信息统计,3)数据检索并利用D3实现可视化,其中包括染色质间的交互、交互网络、基于两点和单点的交互检索,4)同时收集了ChIA-PET的相关文献。作者通过改进ChIA-PET Tool及构建ChIA-PET数据库网站,为用户对ChIA-PET...