理论上来说,ChIP-PET的数据应该是Hi-C数据的一个子集,因为它使用了ChIP-seq的方法去选择性抓取结构域,两者的数据或许可以用相同的工具处理? 当然不行,既然用了ChIP-seq的办法,当然要做call peak!还有linker上的三种短标签组合,都与Hi-C不同。(Hi-C不需要短标签的原因是:序列连接成环的时候,不同位置的蛋白交...
2017年1月,清华大学在《核酸研究》上发表了一款名为CHIA-PET2的分析软件(github地址为:https://github.com/GuipengLi/ChIA-PET2),旨在全方面处理多种类型的ChIA-PET数据。如图2,描绘了CHIA-PET2的数据处理流程。CHIA-PET2支持Bridge linker和Half-linker两种ChIA-PET文库,包含perk calling和loop detection算法。
2017年1月,清华大学在《核酸研究》上发表了一款名为CHIA-PET2的分析软件(github地址为:https://github.com/GuipengLi/ChIA-PET2),旨在全方面处理多种类型的ChIA-PET数据。如图2,描绘了CHIA-PET2的数据处理流程。CHIA-PET2支持Bridge linker和Half-linker两种ChIA-PET文库,包含perk calling和loop detection算法。
ChIA-PET数据分析 李国亮2014-03-25 1 测序数据分析流程 原始数据FastQ文件1.数据预处理 数据文件FastQ文件2.序列比对 mappingfile3.数据分析 初步结果4.GOanalysis 进一步的结果 ChIP-SeqRNA-SeqChIA-PET。。。2 基因转录调控 •基因转录中，有很多因子参与调控 –基因启动子–近程调控元件–远程调控元件 3 基因...
2017-03-21-chia-pet数据分析小介绍 1:去linker,linker长度是固定的,19bp的长度,一般分成两种,两种linker可以相互识别,分别对应。 2:比对,将去掉linker数据比对到参考基因组上 3:根据在参考基因组上位置的关系分成自连接和间连接两种。自连接的用于chip-seq分析,间连接用于确定细胞中的交互情况。
ChIA-PET2能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段,形成染色质互作环(chromatin loops)的有效便捷的工具。尽管目前已有很多用于分析ChIA-PET数据的工具,例如,ChIA-PET Tool,ChiaSig,MICC,Mango和3CPET,但ChIA-PET2有其自身的优势(下表)。 ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤,包括linker trimming,...
ChIA-PET数据分析幻灯片.ppt,生物信息学进展 (6) ChIA-PET数据分析 测序数据分析流程 * 1.数据预处理 数据文件 FastQ文件 mapping file 原始数据 FastQ文件 2.序列比对 初步结果 3.数据分析 进一步的结果 4. GO analysis ChIP-Seq RNA-Seq ChIA-PET 。。。 * 基因转录中,
该ChIA-PET数据库平台包括以下内容:1)ChIA-PET染色质远程交互数据及峰值数据存储,2)处理后数据的基本信息统计,3)数据检索并利用D3实现可视化,其中包括染色质间的交互、交互网络、基于两点和单点的交互检索,4)同时收集了ChIA-PET的相关文献。作者通过改进ChIA-PET Tool及构建ChIA-PET数据库网站,为用户对ChIA-PET...
ChIA-PET(chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing)在染色质构象捕获技术的建库基础上,结合了ChIP-seq 和 PET 的测序方法,特异性地寻找整个基因组范围内相互作用的DNA片段。 交联-片段化-抗体结合 通过与ChIP-seq 相同的办法,ChIA-PET可以使用特异性的蛋白抗体,去选择性测序和目标蛋白交联在一起...
与转录组数据联合分析,揭示DNA 顺式调控元件之间的互作调控基于转录的分子机理,为基因编辑技术提供靶标[2]。 技术优势 技术稳定性强,在多种动植物中产生了高质量多种抗体的ChIA-PET 数据,作为高水平论文的主要内容; 时效快,可以在30 个工作日内完成数据交付。