CHARMM-GUI是一个能够通过交互方式为复杂体系准备分子动力学模拟输入文件的网络平台。该平台中集成了多个功能模块,可用于构建广泛的分子模拟体系。目前它已支持多种主流模拟软件的建模文件准备:Gromacs,NAMD,Amber,OpenMM和CHARMM等。该建模方式方便操作,值得入门学习。 文件准备 这里以 PDBid:2BQV 的蛋白配体复合物晶体...
48 蛋白质立场中可以定义组氨酸的三种质子化状态。charmm-gui运行第一步step1，就是将蛋白与底物结合，...
CHARMM-GUI 是一个功能强大且易于使用的工具,为分子模拟研究提供了极大的便利,帮助科学家们更高效地探索分子世界的奥秘。 平台注册 我们打开注册地址:https://www.charmm-gui.org/?doc=register如下图所示:我们要用国外edu邮箱,优选美国edu,不要用educn会提示人工审核,可能大概率收不到charmm-gui验证邮件。 name:...
charmm-gui小分子力场的原理基于分子力学模拟,它通过构建分子的力场参数和模拟方法,来描述分子的结构和动力学行为。在charmm-gui小分子力场的模拟方法中,通常采用分子的动力学仿真和蒙特卡洛模拟等技术,来模拟分子在不同条件下的动态特性。charmm-gui小分子力场的模拟方法能够高效地预测分子的构象和能量,从而为进一步的实验...
https://www.youtube.com/watch?v=0S2at9O4ieY 使用 CHARMM-GUI Membrane Builder, 构建一个包含 GPI锚定的CD59蛋白 的质膜系统,模拟该蛋白如何在膜中定位并与膜的成分(如脂质和其他蛋白质)相互作用。知识 科学科普 课程 软件 科学 教程 经验分享
首先可以打开在线网站(https://charmm-gui.org/),找到输入生成选项以及膜的构建选项。这里我们可以看到可以构建纯磷脂膜体系,也可以构建膜蛋白-膜复合体系。在此我们以较为复杂的膜蛋白体系为例。 通过直接输入蛋白的PDB ID。该网站就可以帮我们搜索到需要的蛋白 ...
各位大佬，我在做一个膜蛋白体系的模拟，用CHARMM-GUI生成了文件夹，里面的gromacs文件夹有一个readme...
在CHARMM-GUI中,选择适合你分子体系的力场。CHARMM-GUI支持多种力场,包括CHARMM、AMBER、GAFF等。 根据模拟的具体需求,调整力场参数,如键长、键角、二面角参数以及非键相互作用参数等。 CHARMM-GUI提供了用户友好的界面来设置这些参数,通常不需要手动编写复杂的输入文件。 运行CHARMM-GUI进行力场文件的生成: 在设置完...
charmm-gui建立糖脂结构, 视频播放量 73、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 0, 视频作者 邱新龙-计算菜鸡, 作者简介 一个做计算的自媒体菜鸡,相关视频:聊下如何写你的硕士毕业大论文可以显得工作量大,推荐给各位gromacs初学者非常有用的网站,西
最近,研究人员在JICM杂志上作提出基于模板的配体设计工具——CHARMM-GUI Ligand Designer,它是一个直观、交互的基于Web的工具,用来设计提交蛋白结合位点的形状和化学特征相匹配的虚拟配体。该工具提供了三维可视化的配体修饰能力,可以让研究者在观察蛋白质-配体...