CHARMM-GUI是一个专为分子模拟研究设计的图形化用户界面工具,其强大的膜构建模块可以快速、高效地生成具有生物学相关性的脂质双分子层体系,并提供与主流分子动力学软件兼容的输入文件。通过 CHARMM-GUI 构建的细胞膜体系,研究者可以高效开展动力学模拟,深入探索细胞膜的物理化学特性及其与分子间的相互作用机制,为细胞膜...
CHARMM-GUI是CHARMM模拟软件的Web版,可以方便地进行生物分子的建模、模拟、分析,同时提供了多种生物分子结构模拟计算的方案。此外,其构建的模型可输出用于CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER、GENESIS、Tinker、LAMMPS、Desmond和OpenMM软件。 (官网图片) 官网地址:https://charmm-gui.org/ 参考文献: S. Jo, T. Kim, V....
charmm-gui建立糖脂结构邱新龙-计算菜鸡 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 4914 0 11:50 App 聊下如何写你的硕士毕业大论文可以显得工作量大 4002 1 07:27 App 推荐给各位gromacs初学者非常有用的网站 1.2万 0 00:20 App 西湖大学科学家重磅Nature大子刊:利用铝表面加工硬化实现精确制造...
charmm-gui小分子力场的原理基于分子力学模拟,它通过构建分子的力场参数和模拟方法,来描述分子的结构和动力学行为。在charmm-gui小分子力场的模拟方法中,通常采用分子的动力学仿真和蒙特卡洛模拟等技术,来模拟分子在不同条件下的动态特性。charmm-gui小分子力场的模拟方法能够高效地预测分子的构象和能量,从而为进一步的实验...
CHARMM-GUI(https://charmm-gui.org/)是一个网页平台能够交互构建复杂模拟的输入模型,模型可用于CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER、GENESIS、Tinker、LAMMPS、Desmond和OpenMM软件。CHARMM-GUI的开发项目已被广泛用于各种目的,现在包含许多不同的模块,旨在Input Generator模块中建立广泛的分子模拟系统。
48 蛋白质立场中可以定义组氨酸的三种质子化状态。charmm-gui运行第一步step1，就是将蛋白与底物结合，...
最近,研究人员在JICM杂志上作提出基于模板的配体设计工具——CHARMM-GUI Ligand Designer,它是一个直观、交互的基于Web的工具,用来设计提交蛋白结合位点的形状和化学特征相匹配的虚拟配体。该工具提供了三维可视化的配体修饰能力,可以让研究者在观察蛋白质-配体...
各位大佬，我在做一个膜蛋白体系的模拟，用CHARMM-GUI生成了文件夹，里面的gromacs文件夹有一个readme...
首先可以打开在线网站(https://charmm-gui.org/),找到输入生成选项以及膜的构建选项。这里我们可以看到可以构建纯磷脂膜体系,也可以构建膜蛋白-膜复合体系。在此我们以较为复杂的膜蛋白体系为例。 通过直接输入蛋白的PDB ID。该网站就可以帮我们搜索到需要的蛋白 ...
首先可以打开在线网站(https://charmm-gui.org/),找到输入生成选项以及膜的构建选项。这里我们可以看到可以构建纯磷脂膜体系,也可以构建膜蛋白-膜复合体系。在此我们以较为复杂的膜蛋白体系为例。 通过直接输入蛋白的PDB ID。该网站就可以帮我们搜索到需要的蛋白 ...