CHARMM-GUI是一个能够通过交互方式为复杂体系准备分子动力学模拟输入文件的网络平台。该平台中集成了多个功能模块,可用于构建广泛的分子模拟体系。目前它已支持多种主流模拟软件的建模文件准备:Gromacs,NAMD,Amber,OpenMM和CHARMM等。该建模方式方便操作,值得入门学习。
进行上述设定之后,点击显示系统信息即可获得体系的组成成分信息。 (6)然后加水,加离子,生成Gromacs兼容的参数,设置好index.ndx文件即可。 准备膜体系模拟mdp文件 膜体系向来都是比较难平衡的。所以将其分成多个步骤进行一点点的放开限制进行平衡。直接用下述脚本 python do.py 生成即可: import os import shutil class...
各位大佬，我在做一个膜蛋白体系的模拟，用CHARMM-GUI生成了文件夹，里面的gromacs文件夹有一个readme...
想要利用gromacs模拟膜蛋白和多肽的相互作用，多肽和膜蛋白均含有组氨酸，在使用薛定谔进行蛋白质准备阶段，...
CHARMM-GUI(https://charmm-gui.org/)是一个网页平台能够交互构建复杂模拟的输入模型,模型可用于CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER、GENESIS、Tinker、LAMMPS、Desmond和OpenMM软件。CHARMM-GUI的开发项目已被广泛用于各种目的,现在包含许多不同的模块,旨在Input Generator模块中建立广泛的分子模拟系统。
GROMACS复杂体系构建之利用CHARMM-GUI工具 之前本公众号介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍,通过将磷脂构象盒力场准备好,然后在模拟盒子内进行磷脂的组装,最后将蛋白嵌入在磷脂膜内。上述步骤虽然可以较为准确的构建模拟体系,但是并不方便调整,例如磷脂多样性的选择以及膜蛋白在膜内的位置和角度。本次向...
之前本公众号介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍,通过将磷脂构象盒力场准备好,然后在模拟盒子内进行磷脂的组装,最后将蛋白嵌入在磷脂膜内。上述步骤虽然可以较为准确的构建模拟体系,但是并不方便调整,例如磷脂多样性的选择以及膜蛋白在膜内的位置和角度。本次向大家介绍一种方便的体系构建方法:利...
GROMACS复杂体系构建之利用CHARMM-GUI工具 之前本公众号介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍,通过将磷脂构象盒力场准备好,然后在模拟盒子内进行磷脂的组装,最后将蛋白嵌入在磷脂膜内。上述步骤虽然可以较为准确的构建模拟体系,但是并不方便调整,例如磷脂多样性的选择以及膜蛋白在膜内的位置和角度。本次向...
0基础-利用charmm-gui快速生成聚糖结构用于gromacs计算 http://t.cn/A64x40nt http://t.cn/A6HZtGWw
CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations Using the CHARMM36 Additive Force Field. J. Chem. Theory Comput. 2015, 12, 405-413.Lee J, Cheng X, Swails JM, Yeom MS, Eastman PK, Lemkul JA, Wei S, Buckner J, Jeong JC, ...