cBioportal 上面我们可以看到,cBioportal提供了R语言和Matlab两个软件的接口,那么今天,我们学习一下,基于cBioportal开发出的R包cgdsr. 所有工具包的学习,首要的第一步便是在你的工作环境下,安装相应的工具包,毕竟巧妇难为无米之炊。 1. cgdsr安装极其简单: 2. 加载该包: 虽然我们可以看到 Warning message,但是完全不...
cgdsR 下载TCGA数据 TCGA 的数据可以在5个组织机构获取,它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。 cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装cgdsR >install.packages("cgdsR", repos="http://cran.us.r-project.org") 使用cgdsR library("...
1. cgdsr安装极其简单: 2. 加载该包: 虽然我们可以看到 Warning message,但是完全不用担心。 3. 创造一个GDSC对象,并查看存在哪些数据集 结果如下(三列信息,分别代表研究癌症的类型,名字和发表的文章题目): 4. 上表的cancer_study_id其实就是数据集的名字,我们任意选择一个数据集,比如stad_tcga_pub ,可以查...
使用R包cgdsr来下载TCGA的数据生信菜鸟团 前面我讲到TCGA的数据可以在5个组织机构可以获取,他们都提供了类似的接口来供用户下载数据 每个接口都有使用教程,比如 非常详细 有的还专门写了软件接口: 或者写了R的接口: 接下来我们要讲的就是cbioportal网站提供的一个R接口,非常好用,只需记住4个函数即可 只需熟记get...
library(cgdsr)library(DT) mycgds <- CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/") mutGene=c("TP53","UGT2B7","CYP3A4") mut_df<-getProfileData(mycgds,mutGene,"gbm_tcga_mutations","gbm_tcga_sequenced") mut_df<-apply(mut_df,2,as.factor) ...
玩转cgdsr 前面我们提到了通过R包cgdsr链接cbioportal来探索TCGA等公共数据,而我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1、探索各类肿瘤不同临床特征(性别、年龄、种族、临床分期)的预后(生存曲线) 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(箱线图) ...
cgdsr.Rproj README LGPL-3.0 license About The package provides a basic set of R functions for querying the Cancer Genomics Data Server (CGDS), hosted by the Computational Biology Center at Memorial-Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC).
Cancer Center • TCGA Batch Effects, MD Anderson Cancer Center • Regulome Explorer, Institute for Systems Biology • Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中 cBioPortal 更是被包装到 R 包里面:/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用 R 语言的 cgdsr 包来获取任意 TCGA 数据...
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