cellranger-count 从单个样本和 GEM 孔中计数基因表达(定向或全转录组)和/ 或特征条形码读数 用法: cellranger count [FLAGS] [OPTIONS] --id --transcriptome 以下是每个参数的解释: --id一个唯一的运行 ID 和输出文件夹名称,只能包含字母、数字、下划线 和连字符。 --transcriptome包含与 10x 兼容的转录组参...
cellranger count流程采用STAT作为比对工具,其具有比对速度快和灵敏度高等特点。 # 查看count用法cellranger count -h cellranger count sh sample_count.sh执行脚本,进行单个样本的细胞定量。 # id: 输出文件存放的目录名称id=SRR7692286# transcriptome: 与CellRanger兼容的参考基因组目录transcriptome=reference/GRCh38#...
在所有文件都准备好了以后,就可以使用count对单细胞转录组数据进行定量啦。 具体命令如下(一般使用默认参数): cellranger count \ --id=sample_test \--transcriptome=/xx/AT\--fastqs=/xxx/fastq_path \--localcores=8\--localmem=64 参数解释: id:样本名(唯一性) transcriptome:上一步创建的索引的目录名...
该模块是用于两个或者多个样本的数据整合,即基于cellranger count的输出结果,将同一组中不同样本的表达矩阵整合到一起,并进行标准化。例如当处理多个生物学重复样本时,首先分别对每个样本单独的进行cellranger count定量, 然后通过aggr整合。 下面的示例中,假如我们有三个replicates样本,分别进行了定量分析: 代码语言:ja...
transcriptome:用来保存参考基因组的路径 注:换行符 \ 运行cellranger count cellranger count --id=run_count_1kpbmcs \ --fastqs=/mnt/home/user.name/yard/run_cellranger_count/pbmc_1k_v3_fastqs \ --sample=pbmc_1k_v3 \ --transcriptome=/mnt/home/user.name/yard/run_cellranger_count/refdata...
在使用Cell Ranger的`count`命令时,你可以指定以下一些常用参数来控制分析过程: 1. `--id`:指定结果输出的唯一标识符。例如,`--id=my_analysis`将生成一个名为`my_analysis`的结果文件夹。 2. `--transcriptome`:指定参考转录组的路径。可以是一个本地的参考基因组文件夹的路径,也可以是预先构建的Cell ...
--transcriptome=/mnt/home/user.name/yard/run_cellranger_count/refdata-gex-GRCh38-2020-A -id:样本名。可以是任何字符串,它是⼀个包含字⺟数字字符、下划线或破折号的序列,不包含空格,⻓度不超过64个字符。Cell Ranger创建⼀个以此id命名的输出⽬录。
Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析我想手动计算一下sequencing saturation,记录一下遇到的问题 对reads抽样,观察不同抽样条件下检测到的转录本数量占检测到的所有转录本的比例;如...
cellranger count --id=run_count_1kscdatas \ #输出文件夹的名字 --fastqs=/mnt/home/user.name/yard/run_cellranger_count/scdata_1k_v3_fastqs \ #测序数据的路径 --sample=scdata_1k_v3 \ #指定sample的配套文件前缀 --transcriptome=/mnt/home/user.name/yard/run_cellranger_count/refdata-gex...
Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation Sequencing Saturation 33.7% 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析我想手动计算一下sequencing saturation,记录一下遇到的问题 ...