Summary 视图 通过在 HTML 文件的左上角选项卡中点击 Summary,可以查看来自 cellranger count 的运行概要。摘要指标描述了测序质量和检测到的细胞的各种特征。 检测到的细胞数量、每个细胞的平均读数和每个细胞的中位基因检测数在页面顶 部醒目显示。点击 Sequencing、Mapping 和 Cells 部分旁边的问号图标,以显 示仪表...
cellranger count --id=$1 \ --localcores=10 \ --transcriptome=$db \ --fastqs=$fq_dir \ --sample=$1 \ --nosecondary \ --expect-cells=5000 echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") --id:指定输出文件存放目录(我这里的是样本名) --localcores :线程数 --transcriptome :参考基因组文件目...
三count 模块 此处使用转录组数据进行count分析,通过fastq文件得到细胞和基因的定量结果。 3.1 必要参数 代码语言:javascript 复制 $ cellranger count--id=sample345 \--transcriptome=/opt/refdata-gex-GRCh38-2020-A\--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \--sample=mysample \--expect-ce...
5. `--expect-cells`:指定期望检测到的细胞数目。这个参数用于指导细胞检测和拆分。 6. `--localmem`和`--localcores`:指定分配给本地任务的内存和CPU核心数。例如,`--localmem=32`和`--localcores=8`将分配32GB内存和8个CPU核心。 7. `--chemistry`:指定测序化学信息。这个参数用于指定不同的测序方法和...
# expect-cells指定复现的细胞数量,这个要和实验设计结合起来 # nosecondary 只获得表达矩阵,不进行后续的降维、聚类和可视化分析(反正后续要走Seurat,为了节省计算资源,建议加上) #count函数参数解释 四、硬件要求 不知道最小需要多少G才可以运行cellranger,但是单细胞测序的数据动辄就是100G(压缩前),所以理论上你的...
cellranger count --id=sample345 \ --transcriptome=/opt/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0 \ --fastqs=/home/scRNA/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \ --sample=mysample \ --expect-cells=1000 \ --nosecondary # id指定输出文件存放目录名 ...
cellranger-count流程输出位于outs文件夹中的pipestance目录。通过cellranger count操作生成的输出包括Summary和Gene Expression选项卡，用于查看运行概要和检测到的细胞特征。在Summary视图中，可以找到测序质量、细胞数量、平均读数和中位基因检测数等指标。Cells菜单下的GEX Barcode Rank Plot显示条形码分布和与...
--expect-cells=5000 是不是超级简单,值得注意的是我把样本名字进行了修改,才成功运行这个 cellranger count 命令。服务器配置不一样,这个cellranger count流程运行时间不一样,我上面截图的一个样本是60G的fq文件数据走这个流程是5小时。 输出文件超级多,如下所示: ...
cellranger count --id=sample345 \ #输出文件夹名 --transcriptome=/opt/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \ #参考基因组路径 --fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \ #fq.gz所在路径 --sample=mysample \ #样品名 --expect-cells=1000 #期望的细胞回收数,默认3000 --force-cells ...
--expect-cells=5000 是不是超级简单,值得注意的是我把样本名字进行了修改,才成功运行这个 cellranger count 命令。服务器配置不一样,这个cellranger count流程运行时间不一样,我上面截图的一个样本是60G的fq文件数据走这个流程是5小时。 输出文件超级多,如下所示: 简单介绍如下: web_summary.html:这个是必须要看...