2使用Cell Ranger进行单细胞转录组测序数据(scRNA-Seq)的定量 因为我是做单细胞转录组方向的,所以下面介绍一下常用的Cell Ranger命令---cellrange count。 count也是cellrange中一个很重要的命令,用来对单细胞转录组数据进行基因组比对,细胞定量最终得到用后下游分析的单细胞表达矩阵(默认情况也会对表达矩阵进行聚类)。
2. cellranger count的可选参数 (optional) Assay configuration. NOTE: by default the assay configuration is detected automatically, which is the recommended mode. You should only specify chemistry if there is an error in automatic detection. 这个参数看似有用而且必要,但是却可以不需要去设置。因为cellr...
cellranger count --id=** --fastqs=sample_folder_path --sample=**sample_name \ transcriptome=reference_genome_path --chemistry=** 结果文件夹将以你设置的id命名。我们主要关注outs这个文件夹。outs文件夹中的结果文件主要包括 $ cd /home/jdoe/runs $ cellranger count --id=sample345 \ --transcrip...
7. `--chemistry`:指定测序化学信息。这个参数用于指定不同的测序方法和流程。 8. `--nosecondary`:禁用次要数据分析,包括亚克隆细胞型和变异检测。 这只是一些Cell Ranger的`count`命令常用的参数,实际上还有很多其他参数可供使用。你可以通过运行`cellranger count --help`命令获取所有参数的详细说明和默认值。在...
2. cellranger count cellranger count从cellranger mkfastq中获取FASTQ文件,并执行对齐、过滤、条形码计数和UMI计数。它使用Chromium细胞条形码生成特征条形码矩阵,确定簇,并执行基因表达分析。计数管道可以从同一口GEM井的多次排序运行中获取输入。cellranger count还处理特征条形码数据和基因表达读取。
Chemistry:使用的10X试剂盒版本(V2或V3试剂盒) Reference Path:参考基因组路径 Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析我想手动计算一下sequencing saturation,记录一下遇到的问题 ...
Chemistry:使用的10X试剂盒版本(V2或V3试剂盒) Reference Path:参考基因组路径 Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation Sequencing Saturation 33.7% 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析我想手动计算一下sequencing saturatio...
chemistry=\#Assay configuration, like SC3Pv3--create-bam=\#Enable or disable BAM file generation--include-introns=\#Include intronic reads in count [default: true]--r2-length=\#Hard trim the input Read 2 to this length before analysis--localcores=\#Set max cores the pipeline may request ...
为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq、cellranger aggr、cellranger reanalyze没用过,也没啥影响。
其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger mkfastq、cellranger count,cellranger aggr 和 cellranger reanalyze四个功能模块。 一Cell Ranger下载安装 1.1 下载 进入cellranger官网(https://support.10xgenomics.com/)后,发现支持的分析模块有很多,先介绍单细胞转录组。选择单细胞转录组模块,点击进入 软件-下载-选择你...