Sample Description:样本的描述信息 Chemistry:使用的10X试剂盒版本(V2或V3试剂盒) Reference Path:参考基因组路径 Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation Sequencing Saturation 33.7% 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析...
Chemistry:使用的10X试剂盒版本(V2或V3试剂盒) Reference Path:参考基因组路径 Transcriptome:参考基因组版本信息 Pipeline Version:Cellranger软件的版本信息 Gene Expression Sequencing Saturation 参考这篇文章一文带你读懂 10X Cellranger Count 网页结果解析我想手动计算一下sequencing saturation,记录一下遇到的问题 对re...
cellranger count --id=** --fastqs=sample_folder_path --sample=**sample_name \ transcriptome=reference_genome_path --chemistry=** 结果文件夹将以你设置的id命名。我们主要关注outs这个文件夹。outs文件夹中的结果文件主要包括 $ cd /home/jdoe/runs $ cellranger count --id=sample345 \ --transcrip...
cellranger count从cellranger mkfastq中获取FASTQ文件,并执行对齐、过滤、条形码计数和UMI计数。它使用Chromium细胞条形码生成特征条形码矩阵,确定簇,并执行基因表达分析。计数管道可以从同一口GEM井的多次排序运行中获取输入。cellranger count还处理特征条形码数据和基因表达读取。 3. cellranger multi cellranger multi用于...
7. `--chemistry`:指定测序化学信息。这个参数用于指定不同的测序方法和流程。 8. `--nosecondary`:禁用次要数据分析,包括亚克隆细胞型和变异检测。 这只是一些Cell Ranger的`count`命令常用的参数,实际上还有很多其他参数可供使用。你可以通过运行`cellranger count --help`命令获取所有参数的详细说明和默认值。在...
cellranger单细胞分析流程主要分为:数据拆分cellranger mkfastq、细胞定量cellranger count、GEM整合cellranger aggr、定制调整cellranger reanalyze。还有一些用户可能会用到的功能:mat2csv、mkgtf、mkref (构建索引)、vdj、mkvdjref、testrun(测试软件是否安装成功和输出结果的结构)、upload、sitecheck。
其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger mkfastq、cellranger count,cellranger aggr 和 cellranger reanalyze四个功能模块。 一Cell Ranger下载安装 1.1 下载 进入cellranger官网(https://support.10xgenomics.com/)后,发现支持的分析模块有很多,先介绍单细胞转录组。选择单细胞转录组模块,点击进入 软件-下载-选择你...
#cellranger count --id hdq_pbmc_befpd1 --transcriptome $transcriptome --fastqs $fastqs --sample ZY201014 --chemistry SC3Pv3 --localmem 100 --localcores 30 fastqs为软链接文件夹,transcriptome为参考序列,--id为样本名,这个在样本信息表格中保存好,方便后期查对,所有输出文件都在这个文件中。--che...
本教程主要目的是从SRA或者Fastq文件完成cellranger count流程得到10x的三个文件。流程如下 1.cellranger软件下载及安装 首先创建并激活一个小环境 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda create-n cellranger conda activate cellranger
--chemistryOptional.Assay configuration. NOTE: by default the assay configuration is detected automatically, which is the recommended mode. You should only specify chemistry if there is an error in automatic detection. Select one of: autofor auto-detection (default), ...