$ cellranger count--id=LV123...waitforpipeline to finish...$ cellranger count--id=LB456...waitforpipeline to finish...$ cellranger count--id=LP789...waitforpipeline to finish... 基于count的输出结果,构建aggr CSV文件(如下所示),该文件包含样本名称和molecule_info.h5所在的路径名这两列信息。
cellranger aggr:接受cellranger count的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如tumor组原来有4个样本,PBMC组有两个样本,现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵,并且进行标准化去掉测序深度的影响 cellranger reanalyze:接受cellranger count或cellranger aggr生成的gene-barcode矩阵,使用不同...
运行 cellranger count--id 您需要指定。这可以是任何字符串,它是一个由字母数字字符、下划线或破 折号组成且不包含空格的序列,长度不超过 64 个字符。Cell Ranger 根据此 id 创 建一个输出目录。该目录称为"pipeline instance"或简称 pipestance。 --fastqs 应该是包含 FASTQ 文件的目录的路径。如果您使用 ...
方法1:使用 nohup 适用于简单的后台运行,任务不会因退出终端而中断。 nohup cellranger count --id=run_count_sample3 \ --fastqs=/home/user/yard/run_cellranger_count/sample3 \ --sample=sample3 \ --transcriptome=/home/user/yard/run_cellranger_count/refdata-gex-GRCh38-2020-A \ --nosecondary...
定量分析通过count子命令实现,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 cellranger count \--id=sample345 \--transcriptome=database_path \--fastqs=fastq_path \--sample=mysample \ id参数指定输出目录的名字,transcriptome参数指定基因组索引所在目录,fastqs指定mkfastq命令产生的序列文件所...
cellranger count参数Cell Ranger是一款用于处理单细胞测序数据的工具,它可以对测序数据进行质控、对齐、计数和分析。在使用Cell Ranger的`count`命令时,你可以指定以下一些常用参数来控制分析过程: 1. `--id`:指定结果输出的唯一标识符。例如,`--id=my_analysis`将生成一个名为`my_analysis`的结果文件夹。 2. ...
cellranger count --id=name1 \ --transcriptome=/文件位置/ refdata-gex-GRCh38-2024-A \ --fastqs=/测序cleandata的文件位置 \ --creat-bam=true \ --sample=name1 注意:sample的文件名和fastq中的文件名要保持一致,否则会报错。 总结📝 以上就是使用Cell Ranger处理单细胞数据的详细步骤。希望对你有...
准备FASTQ格式输入：确保遵循bcl2fastq和mkfastq的命名约定，使用--fastqs参数指定FASTQ文件路径。解压缩文件并组织为便于CellRanger识别的目录结构。2、cellranger-count定量：执行cellranger-count操作以计数基因表达或特征条形码读数。参数包括：--id（运行ID和输出文件夹名称），--transcriptome（参考转录组...
三count 模块 此处使用转录组数据进行count分析,通过fastq文件得到细胞和基因的定量结果。 3.1 必要参数 $ cellranger count --id=sample345 \--transcriptome=/opt/refdata-gex-GRCh38-2020-A \--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \--sample=mysample \--expect-cells=1000 \--id= 名...