在此基础上,我还写了CellphoneDB的笔记:细胞通讯分析之CellphoneDB初探(一),在这个帖子里简单介绍了CellphoneDB,以及CellphoneDB的环境配制、单样本实战,最后提供了一个可视化的函数cellphoneDB_Dotplot。另外,cellphoneDB似乎是不支持小鼠等其他物种的数据,因此我写了一行代码完成单细胞数据人鼠基因同源转换,提供了一个函...
【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果 接上一节(【视频教程】Cellphonedb v5更新:python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯)。我们通过对cpdb结果的整合得到cpdb_pbmc_summary,这里我们对结果进行可视化,主要是弦图的可视化,看了一下,之前好像对于cpdb没有做过太多的弦图。为了方便,我们借助了R包和一些文章...
当然了,ktplots还有其他的可视化,比如比较新奇的将细胞之间互作基因对用弦图展示,还可以指定特定的几种细胞互作弦图展示。还可以多组分析可视化、结合空间转录组的可视化、对于单细胞的可能化等等,感兴趣的值得学习。但是就我们细胞互作而言,已经足够了。 我们这里提供了最少的代码和步骤,比较简洁的完成了cellphonedb的可...
Generates a dot plot after CellPhoneDB analysis via specifying the query celltypes and genes. The difference compared to the original cellphonedb plot is that this is totally customizable! The plotting is largely determined by the format of the meta file provided to CellPhoneDB analysis. For the ...
cellphonedb method statistical_analysis cellphonedb_meta.txt cellphonedb_count.txt--counts-data=gene_name # 如果是直接写出基因名的加这个参数,转化为基因ID的话不用加。 #cellphonedb 自己的绘图 cellphonedb plot dot_plot cellphonedb plot heatmap_plot cellphonedb_meta.txt ...
10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析 关于cellphoneDB,目前升级到了3.0,已经用于分析生态位的通讯分析,当然官网也有很多的介绍,包括考虑复合物等等,也可以用自己定义的配受体数据集,算法上也算是非常经典,对结果文件也有解释,放在下面,供大家查阅。
在单细胞转录组学研究中，CellphoneDB 是一个强大的工具，能够揭示细胞间通讯网络并进行可视化。为了更深入地了解细胞之间的相互作用，我们需要首先准备环境和数据。选择micromamba或conda作为包管理器能够提高效率。micromamba速度更快，但二者功能相似。在使用conda时，注意避免一次性安装过多包导致的错误。数...
准备输入文件，需要标准化的count数据，格式为行代表人基因名，列代表细胞名。同时输入文件应包含以下两列信息：第一列标记细胞名称，第二列描述细胞类型。运行CellphoneDB并进行结果可视化，尽管自带的绘图功能较为基础，但借助ktplotspy可以实现更为丰富的展示效果。此工具提供了三种绘图方法：plot_cpdb_heat...
为cellphoneDB分析结果提供定制化可视化工具，通过ktplots软件，用户可以生成自定义的点图，直观展示不同细胞类型间的通讯交互。该工具允许用户根据分析后提供的元数据文件进行高度定制化设置。此外，plot_cpdb功能生成基于cellphoneDB分析后的点图，用户需提供分析结果的means.txt和pvals.txt文件，以及选择cellphone...
接上一节(【视频教程】Cellphonedb v5更新:python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯)。我们通过对cpdb结果的整合得到cpdb_pbmc_summary,这里我们对结果进行可视化,主要是弦图的可视化,看了一下,之前好像对于cpdb没有做过太多的弦图。为了方便,我们借助了R包和一些文章,然后进行了修改,包装为可视化函数,方便使用。完...