可视化进阶,这里介绍一个专门为cellphoneDB分析结果配套的可视化方法,软件在ktplots,这个软件的作者同时开发了BCR的集成分析软件dandelion,大家可以参考我的文章10X单细胞(10X空间转录组)BCR(TCR)数据分析之(11)dandelion 安装 if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools") if (!
10X单细胞(10X空间转录组)空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析 关于cellphoneDB,目前升级到了3.0,已经用于分析生态位的通讯分析,当然官网也有很多的介绍,包括考虑复合物等等,也可以用自己定义的配受体数据集,算法上也算是非常经典,对结果文件也有解释,放在下面,供大家查阅。 User-defined receptor-...
为cellphoneDB分析结果提供定制化可视化工具，通过ktplots软件，用户可以生成自定义的点图，直观展示不同细胞类型间的通讯交互。该工具允许用户根据分析后提供的元数据文件进行高度定制化设置。此外，plot_cpdb功能生成基于cellphoneDB分析后的点图，用户需提供分析结果的means.txt和pvals.txt文件，以及选择cellphone...