提取CellChatDB中的数据库信息,然后将它们保存在本地计算机上,包括四个文件:'geneInfo.csv', 'interaction_input_CellChat.csv', 'complex_input_CellChat.csv', 和 'cofactor_input_CellChat.csv'。 可以通过在Rstudio中运行以下代码来做到这一点: CellChatDB <- CellChatDB.mouse # 如果处理人类数据集,设置CellCh...
况且Cellchat更新了到1.6.0了,解决办法可以是更新cellchat。或者cellchat也提供了办法,就是更新object,就不会有问题了。 library(CellChat) cellchat <- updateCellChat(cellchat) 2、Cellphonedb可视化 Cellphonedb我们也提供过一种免费的可视化方式,使用ktplots包完成。但是总是有人嫌弃这个包的图臭,也一直问我问题,因...
https://www.cellphonedb.org/ https://pypi.org/project/CellphoneDB/ 4. CellChatDB CellChatDB是CellChat自建的一个包含人和小鼠配体-受体信息的数据库。而CellChat,是一个能够通过scRNA-seq数据定量推断和分析细胞间互作网络的R包。CellChatDB包含2021个经过验证的互作关系,包括60%的分泌蛋白互作关系。此外,48%的...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat=MDA.cellchat,source_celltype="ECs",count=T,celltype.size=F,showInter=T,flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要se...
原文的方法部分描述如下,可以看出,作者展示的是cellchat结果的受配体对。但是我想cellphonedb的结果也是可以这样展示的。 image.png 复现这个还是花费了一番功夫,复现结果如下,结果最后需要用AI稍微排版一下,效果就更完美了。 image.png 学习这一节的内容,其实不仅仅是这个图的复现,还是对ggplot2作图各种情况的处理,...
CellphoneDB和CellChatDB是两种功能强大的数据库,但它们在适用物种与数据内容上各有特色。CellphoneDB主要依托于配体-受体的互作关系,着重研究转录因子(TF)在细胞间的信号传递。而CellChatDB则引入了KEGG通路的信息,提供了上下游因子的分析,更适合于复杂细胞环境中的结果验证。
今日的内容主要解决两个问题,一个是cellchat的代码报错问题,因为已经有很多人提出这个问题了。第二个是Cellphonedb结果的可视化,这里提供一种免费的很实用的快捷可视化方法。其实这些问题只要自己思考都是能明白的。 Cellchat和cellphonedb细胞互作分析历史相关帖子: ...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...
今日的内容主要解决两个问题,一个是cellchat的代码报错问题,因为已经有很多人提出这个问题了。第二个是Cellphonedb结果的可视化,这里提供一种免费的很实用的快捷可视化方法。其实这些问题只要自己思考都是能明白的。 Cellchat和cellphonedb细胞互作分析历史相关帖子: ...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...