第一种方法: 使用updateCellChatDB函数更新CellChatDB CellChat v2提供了一个函数updateCellChatDB,允许用户通过整合来自其他资源的新配体-受体对或利用自定义的配体-受体相互作用数据库来更新CellChatDB。函数用法如下: updateCellChatDB( db, gene_info = NULL, other_info = NULL, merged = FALSE, species_target =...
CellPhoneDB是一个收录人类配体、受体及其相互作用的数据库,用于细胞通讯网络分析。CellPhoneDB v2收录了总共978种蛋白质,其中501种是分泌蛋白,585种是膜蛋白,这些蛋白质参与了1,396个相互作用。 (Nature protocols, 2020) CellPhoneDB目前已更新到v4.1.0,收录了超过2900个受配体对,引用次数达2000以上。不过,基于pytho...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat=MDA.cellchat,source_celltype="ECs",count=T,celltype.size=F,showInter=T,flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要se...
CellPhoneDB是一个收录人类配体、受体及其相互作用的数据库,用于细胞通讯网络分析。CellPhoneDB v2收录了总共978种蛋白质,其中501种是分泌蛋白,585种是膜蛋白,这些蛋白质参与了1,396个相互作用。 (Nature protocols, 2020) CellPhoneDB目前已更新到v4.1.0,收录了超过2900个受配体对,引用次数达2000以上。不过,基于pytho...
ks_cellchatV2_sig_interCount(cellchat = MDA.cellchat, source_celltype = "ECs", count = T, celltype.size=F, showInter=T, flipped=F) 同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype...