UMAP(python包) 已经安装过的可以直接跳过。首先安装R包: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 install.packages('NMF')#成功,可能会遇到缺少其他依赖包的报错,缺啥补啥就行 #如果遇到R版本报错,在R终端先运行以下代码: Sys.setenv(R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WAR
最初接触这个R包是去年年中,想做细胞间相互作用,又不会python,正好看到周老师的推文,就跟着学了学,CellChat:细胞间相互作用分析利器,当时CellChat包还是0.0.1版本,里面有不少小bug,文章放在预印版上,而今年二月份他终于见刊,发表在NC,现在R包也来到了1.1.2版本,并且在github上持续更新,今天我们来重新学习一次。
微信公众号:生信补给站,R Python Bio-统计,绘图 来自专栏 · 生信补给站 32 人赞同了该文章 本文首发于 生信补给站 : scRNA分析|使用CellChat完成细胞通讯分析-简单且可视化出众,代码自取 之前介绍过使用cellphoneDB 进行细胞通讯分析scRNA分析 | 解决可能的报错,从0开始教你完成细胞通讯分析-cellphoneDB,可能会遇到...
install -c bioconda bioconductor-biobase -y 搜索新版本 search bioconductor-biobase, 更换新版本,失败 install -c bioconda bioconductor-biobase=2.62.0 -y 下载pyenv-master.zip 放到conda目录下解压:/cluster/home/jrao/.conda/envs 查看python版本 pyenv-master/bin/pyenv install --list...
然后我看官网最后一条要求:需要有python环境的umap,于是在R中创建了python脚本,运行了上面那一步,失败! 经过和python反复斗争许久之后,发现了问题的所在(敲黑板,划重点)。(见图3)NMF需要更新。但是无论用什么代码下都不是最新版本,怎么办呢? 点击R Studio中 tools-check for package Updates,找到NMF更新。
anndata提供了一个python类,可用于存储单单元格数据。此数据格式还用于在scanpy软件包中进行存储。我们首先使用reticulate包将数据读入R中,以导入andata模块。 library(reticulate)ad<-import("anndata",convert=FALSE)ad_object<-ad$read_h5ad("scanpy_object.h5ad")# access normalizeddatamatrixdata.input<-t(py_to...
library(reticulate)use_python('/usr/bin/python3',required=T)#指定安装umap-learn那个版本的python位置py_version()#看看是不是指定正确 最后运行后报错: >cellchat<-netEmbedding(cellchat,type='functional')Manifoldlearning of the signaling networksfora single dataset/Users/yangl/Library/Python/3.8/lib/pyt...
githubpythongit开源 最初接触这个R包是去年年中,想做细胞间相互作用,又不会python,正好看到周老师的推文,就跟着学了学,CellChat:细胞间相互作用分析利器,当时CellChat包还是0.0.1版本,里面有不少小bug,文章放在预印版上,而今年二月份他终于见刊,发表在NC,现在R包也来到了1.1.2版本,并且在github上持续更新,今天我...
githubpythongit开源 最初接触这个R包是去年年中,想做细胞间相互作用,又不会python,正好看到周老师的推文,就跟着学了学,CellChat:细胞间相互作用分析利器,当时CellChat包还是0.0.1版本,里面有不少小bug,文章放在预印版上,而今年二月份他终于见刊,发表在NC,现在R包也来到了1.1.2版本,并且在github上持续更新,今天我...