ppi_data=lr_pairs,metadata=meta,interaction_columns=('ligand2','receptor2'),communication_score='expression_thresholding',expression_threshold=0.1,# values after aggregationcci_score='bray_curtis',cci_type='undirected',aggregation_method='nn_cell_fraction',barcode_col='index',celltype_col='cluster'...
基于此,清华大学生命科学学院/结构生物学高精尖创新中心/清华-北大生命科学联合中心张强锋副教授课题组,近日在 Cell Systems 杂志在线发表题为「Tissue module discovery in single-cell resolution spatial transcriptomics data via cell-cell interaction-aware cell embedding」的研究论文。 该研究开发了基于图自编码器 (...
cell-cell interaction (CCI)(细胞间相互作用) spatial transcriptomics(空间转录组学) DeepCOLOR(DeepCOLOR) 研究背景 单细胞转录组分析技术揭示了细胞异质性,对理解疾病发展至关重要。 细胞状态的转变及其调控机制需要考虑细胞间相互作用的影响。 空间转录组学技术提供了细胞空间分布的分子信息,但存在分辨率限制或预设基...
通过分析相互作用后T细胞上激活分子CD69的表达情况以及标记信号,作者发现邻近标记信号强度随相互作用强度变化的趋势与CD69的表达水平变化趋势一致,证明邻近标记的信号强度可以反映细胞间相互作用的强度。通过对不同强度相互作用T细胞的转录组分析发现,相比于标记信号弱的细胞(相互作用弱),标记信号强的细胞(相互作用强)上调...
李雨哲博士作为第一作者的研究成果「Tissue module discovery in single-cell resolution spatial transcriptomics data via cell-cell interaction-aware cell embedding」,已经发表于 Cell Systems,他还将为大家进一步介绍该研究中提出的创新方法:基于图自编码器深度学习框架的人工智能算法 SPACE。 此外,李雨哲博士参与研究的...
这项研究将为推进凝胶微球系统在细胞培养和组织再生方面的应用提供有力的证据支撑。相关工作以“Gel microspheres enhance the stemness of ADSCs by regulating cell-ECM interaction”发表于《Biomaterials》杂志上。 论文研究内容摘要示意图 ...
从机制上讲,CTCs的单细胞RNA测序分析显示,在患者和小鼠模型中,有丝分裂基因仅在静止期阶段出现明显的上调,从而实现转移熟练程度。系统地,我们发现关键的昼夜节律激素,如褪黑激素,睾酮和糖皮质激素决定了CTC的产生动力学,因此,胰岛素直接促进肿瘤细胞在体内增殖,但以时间依赖的方式。因此,具有高转移倾向的CTCs的自发...
In conclusion, CellDART is capable of estimating the spatial cell compositions in complex tissues with high levels of heterogeneity by aligning the domain of single-cell and spatial transcriptomics data. The suggested method may help elucidate the spatial interaction of various cells in close proximity...
Visualization of cell‑cell interaction contacts: Synapses and kinapses T‑cell activation requires interactions of T‑cell antigen receptors (TCR) and peptides presented by major histocompatibility complex molecules (MHCp)... ML Dustin - 《Self/nonself》 被引量: 29发表: 2011年 用于从S-CEL...
为了对需要靶向治疗的患者选择药物靶点提供新的参考和指导,研究者分析了来自CPTAC中的1043个肿瘤样本和524个正常组织样本的蛋白质组学数据,涵盖10种癌症类型,并且整理了DrugBank,GtoPdb,DrugGeneInteractionDatabase三个数据库来源的药物靶点信息,将所有靶点分为成5层。第一层包含所有癌症类型中已获批药物的主要相关靶点,...