打开任一个pn文件,我们就可以发现文件里面全是smp文件的文件名,其实就是记录哪个数据库是由哪些数据文件组成的。每个以pn结尾的文件其实就是一个保守结构域的数据库,包含CDD、NCBI_Curated、Pfam、SMART、KOG、COG、PRK、TIGR,与CD Search在线版正好对应。接下来我们以CDD为例进行说明。 三、构建CDD数据库 这里,我...
NCBI-cdd保守结构域预测 attachments-2018-07-HXZXbUUl5b55498230963.jpg 2.预测单条序列的保守结构域，点击CD-search进⼊：粘贴基因的蛋⽩序列，或者是核酸序列都可以，注意为fasta序列，如果你知道基因的GI或Accession号，也可以直接数据这些ID就可以查询，右⽅OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者...
CD(Conserved Domain)是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。 CD-Search 的主要功能包括: Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。 结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 结构域注...
NCBI-cdd保守结构域预测利⽤NCBI当中的CD-search⼯具预测基因的保守结构域CDD基因家族NCBI保守结构域搜索鉴定基因的保守结构域,应该⽤专门搜索基因的保守结构域⼯具CD-search,⽽不是简单的⽤blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是⾮常重要的,因为⾏驶相同相近功能的基因往往...
We maintain a live search system as well as an archive of pre-computed domain annotation for sequences tracked in NCBI's Entrez protein database, which can be retrieved for single sequences or in bulk. We also maintain import procedures so that CDD contains domain models and domain ...
NNCCBBII--ccdddd保保守守结结构构域域预预测测 利利⽤⽤ NNCCBBII 当当中中的的CCDD--sseeaarrcchh⼯⼯具具预预测测基基 因因的的保保 守守结结构构域域 CDD 基因家族 NCBI 保守结构域 索鉴定基因的保守结构域,应该⽤专门 索基因的保守结构域⼯具CD-search,⽽不是简单的⽤blast 索注释。
We maintain a live search system as well as an archive of pre-computed domain annotation for sequences tracked in NCBI's Entrez protein database, which can be retrieved for single sequences or in bulk. We also maintain import procedures so that CDD contains domain models and dom...
We maintain a live search system as well as an archive of pre-computed domain annotation for sequences tracked in NCBI's Entrez protein database, which can be retrieved for single sequences or in bulk. We also maintain import procedures so that CDD contains domain models and domain ...
NCBI's Conserved Domain Database (CDD) is a collection of multiple sequence alignments and derived database search models, which represent protein domains conserved in molecular evolution. The collection can be accessed at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml, and is also part ...
1回答 1092浏览 基因家族分析--结构域在线数据库中确认 pfam CDD hmmersearch 一枚安静的咸鸭蛋～2024-05-23 15:51:47 1回答 1447浏览 SMART网站手动确定结构域没有结果 CDD SMART Mr.Black2024-03-25 17:39:39 1回答 2181浏览 老师,您好,我有一个问题不知道怎么解决,想要问您一下 我在学习基因家族分析的...