AI代码解释 -i:fasta格式的输入序列文件,多个宏基因组的基因序列需要合并到一起-o:输出文件的文件名-c:序列相似度identity阈值,默认为0.9-G:设置全局比对还是局部比对,默认为1也即全局比对,如果设置0也即局部比对,需要配和覆盖率参数使-A、-aL、AL、-aS、-AS、-U、-uL、-uS-M:内存限制(MB),默认为800,设...
用法详解:将调控序列文件作为输入,设置合适的相似性阈值和其他参数(如 -aL 用于指定长度比例),程序输出聚类结果用于分析调控元件情况。 18. 利用cd-hit可以对不同环境下培养的细菌基因组序列进行聚类,研究环境因素对基因组序列的影响。 用法详解:将来自不同环境培养的细菌基因组序列文件输入,设置适当的相似性阈值,运行...
aL=Ra /R AL = R - Ra aS=Sa /S AS = S - Sa s=Sa /Ra S=R/S U=S1 +S2 uL = U / R uS = U / S 输出 两个结果 去冗余后的fasta文件 说明文档,其内容大概如下 其中“>” cluster, '*' 该序列是这个cluster的代表序列,'%',相似性 欢迎扫码交流...
aL=Ra /R AL = R - Ra aS=Sa /S AS = S - Sa s=Sa /Ra S=R/S U=S1 +S2 uL = U / R uS = U / S 输出 两个结果 去冗余后的fasta文件 说明文档,其内容大概如下 其中“>” cluster, '*' 该序列是这个cluster的代表序列,'%',相似性 欢迎扫码交流...
Pacbio三代全长转录组采用isoseq3 进行了转录本的筛选,聚类和校正之后得到高质量的转录本序列,可以对序列再进行一定的合并操作。 采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案,运行命令如下: cd-hit-est -i -o -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30 参数说明: input:...
M Al-Jubeh,M Hoffmann,M Ishaque,... - 《Journal of Combinatorial Optimization》 被引量: 16发表: 2011年 Influence of Grounding Resistance Connecting to Surge Arresters on Effectiveness of Lightning Protection Caused by Direct Hit for Power Distribution Lines The grounding resistance of surge arresters...
<< CD-HIT analysis CD-HIT and USEARCH clustering In theUSEARCH paper (Edgar, 2010)I reported a comparison of CD-HIT to USEARCH clustering (the UCLUST algorithm) by using a set of 16S rRNA reads from Costelloet al. When I wrote the paper, I believed these two methods could be compared...
<< CD-HIT analysis << Comparing USEARCH and CD-HIT Results The chart below shows the distribution of %ids measured by USEARCH for 804 pairs of 16S reads that are assigned 97.0% id by CD-HIT. These pairs were obtained by clustering the Costello et al. set at 80% id using CD-HIT-ES...
double long_coverage; // -aL: int long_control; // -AL: double short_coverage; // -aS: int short_control; // -AS: int min_control; // -A: double long_unmatch_per; // -uL double short_unmatch_per; // -uS int unmatch_len; // -U int max_indel; // -D int print; int ...
double long_coverage; // -aL: int long_control; // -AL: double short_coverage; // -aS: int short_control; // -AS: int min_control; // -A: double long_unmatch_per; // -uL double short_unmatch_per; // -uS int unmatch_len; // -U int max_indel; // -D int...