cd cd-hit-v4.8.1-2019-0228make CD-HIT有两个主程序: cd-hit:(cd-hit-est)将相似的蛋白聚类成聚类簇。 cd-hit-2d:(cd-hit-est-2d)比较两个数据库,并识别数据库2中与数据库1相似的序列。 cd-hit的命令参数如下所示: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -i:fasta格式的输入序列文...
CD-HIT-2D:一个用于比较两个序列数据集之间相似性的版本,可以同时聚类两个数据集中的序列。 工作原理: 输入:CD-HIT的输入是包含序列的FASTA文件。 聚类:CD-HIT通过两两比较序列,检查每个序列是否有其他序列与其相似度达到或超过用户定义的阈值。如果找到这样的序列,它们将被归为同一组。 输出:CD-HIT输出一组包含...
cd-hit-2d的基本用法 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于某个阈值的序列,输入是两个 fasta 格式的文件,输出是 db2 中与 db1 不相似的蛋白质序列文件和列出 db1 和 db2 之间相似序列的文件,如果想要输出 db1 中和 db2 中不相似的序列,可以将输入文件 db...
hit/cd-hit-est-2d /usr/lib/cd-hit/cd-hit-para.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2tree.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2txt.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2xml.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_cut.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_list.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_list_sort.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_...
hit/examples/example.fa /usr/share/man/man1/cd-hit-2d-para.1.gz /usr/share/man/man1/cd-hit-2d.1.gz /usr/share/man/man1/cd-hit-454.1.gz /usr/share/man/man1/cd-hit-div.1.gz /usr/share/man/man1/cd-hit-est-2d.1.gz /usr/share/man/man1/cd-hit-est.1.gz /usr/share/...
下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-1208 2.进入到安装目录:如 qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$ 3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件 4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-hit-est-2d-iotus_failures.fasta-i2otus.fa-o ...
β (TCR αβ ),抗 CD123 (9F5),抗 CD34 (8G12)和抗 CD38 (HIT2)购自 BD Biosciences。 生物素化的抗Fe购自Jackson ImmunoResearch Laboratories。生物素化的西安昔 单抗(Erbitux)购自COH药房且先前已描述过[20]。生物素化的抗⑶2,抗⑶3,抗 CD7,抗 CD10,抗 CDllb,抗 CD19,抗 CD33 和抗 CD235...
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) $(LDFLAGS) cdhit-2d.o cdhit-common.o cdhit-utility.o -o cd-hit-2d cd-hit-est: cdhit-common.o cdhit-utility.o cdhit-est.o - $(CC) $(CCFLAGS) cdhit-est.o cdhit-common.o cdhit-utility.o $(LDFLAGS) cd-hit-est + $(CXX) $(CXXFLAGS) $(LDFLAGS) cdhit-...
Tips:CD3是检测T细胞最常用的标记物。CD3最早出现在前胸腺细胞的胞浆中,随着T细胞的成熟,胞浆CD3逐渐丧失,而出现在细胞膜上。某些克隆(如OKT3、HIT3a、UCHT1、145-2C11)的CD3抗体可以用于活化T细胞。 CD4和CD8分别是辅助T细胞和细胞毒性T细胞标记物,但除T细胞和胸腺细胞外,...
// CD-HI/CD-HIT // // Cluster Database at High Identity Threshold // // CD-HIT clusters protein sequence database at high sequence identity threshold. // This program can remove the high sequence redundance efficiently. // // program written by // Weizhong Li // UCSD, San Diego Super...