scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2573、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 372、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 功能富集分析 ORA - clusterProfiler 功能富集分析 ORA | clusterProfiler 读取本地化KEGG数据 ORA算法的主要思想是统计评估目标基因集中属于特定功能条目的基因的比例。如果这种比例出现的可能性(期望)很低,远低于随机事件发生的概率,那么我们就认为我们观察到的富集情况是“显著”的。该过...
1.重新分析已有的scRNA-seq数据,鉴定到癌症样本中细胞异质性。 2.进行细胞间通讯分析,找到关键信号通路上的配受体对。 3.使用bulk RNA-seq验证信号通路上配受体表达,排除假阳性。 4.用TCGA和GTEx两个队列,根据配受体对的基因表达进行生存分析预后。 中文题目: ...
中文题目: scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性区域的锁骨下动脉,以及三名患者颈动脉粥样硬化组织标本,进行scRNA-seq。
由于可用的具有已知细胞组成的TME RNA-seq数据集十分有限,研究团队开发了组织和血液的人工RNA-seq,用于训练Kassandra算法,以稳健地识别不同的细胞群。所有可用的分类细胞群和癌症细胞系的组合被生成,以构建癌症特异性的人工转录组,模仿生物变异性。最终,共产生1800万和800万转录组,分别用于训练Kassandra-Tumor和Kassandra-...
转录组测序（bulk RNA-Seq）的详细分析流程转录组测序分析分为两个主要阶段：上游数据处理和下游数据分析，它们各自包含一系列步骤以揭示基因表达的深度洞察。上游数据处理首先，进行质量控制，通过fastqc和multiqc评估数据的准确性和可靠性，关注序列长度分布和测序错误率等指标。接着，使用trim-galore预处理...