普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但...
因此对于尚未研究TLS的癌种,可以试试这篇2023年在Frontiers in Immunology(IF=7.3)发表的Tertiary lymphoid structures predict the prognosis and immunotherapy response of cholangiocarcinoma 的方案--病理+bulk RNA-seq。 三级淋巴结构(Tertiary lymphoid structures,TLS),又名第三淋巴样器官或异位淋巴样结构,是非生理条...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
本文为scRNA数据为主导的与bulk RNA关联应用的案例,和只用scRNA-seq数据分析相比,bulk RNA-seq验证了基因的表达和功能,既避免使用复杂的实验,也证明了结果的可靠性。研究用的是已发表的仅8例scRNA数据,如果是自己测的结果,分数应该还会有提升。 为方便大家研究,基迪奥已早早准备好了专门的细胞通讯流程报告,还有scRNA...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
伪批量(pseudo-bulk)指的是将单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,按照基因累加counts表达值,当作样本或细胞类型的Bulk RNA-seq数据,目的是比较样本或细胞类型间的总体差异。一般有两种形式: 形式1:将一个样本的单细胞数据合并成一个样本的bulk数据,使不同样本之间具有可比性,如图1 ...
本系列推送旨在带领生信零基础的科研人一起掌握Bulk RNA-seq数据分析,同时为其他Bulk组学和单细胞(核)转录组测序的数据分析奠定基础。 第1期. 快2024年了,还有必要学习Bulk RNA-seq? 第3期. 基因ID转换,一键搞定 第4期. 差异分析三巨头,该了解一下了 ...
(2)利用普通转录组深入研究,scRNA-seq绘制图谱,bulk RNA-seq针对特定细胞类型研究,以细胞类型作为入手点,然后深入解析细胞的表达特征,这个思路适合对于细胞调控机制的深入解析,同时最好是应用于模式生物中。假设单细胞转录组的图谱对巨噬细胞的深入解析,确定了FOLR2+巨噬细胞亚型作为主要效应细胞,后续就可以通过流式分...
通过整合单细胞测序和 bulk RNA-seq 分析,我们确定了一个 iCAF 相关特征,该特征将 BCa 患者分为具有不同分子特征的两个亚型。该特征在预测 TCGA-BLCA、GEO-meta 和三个 ICI 治疗队列中的免疫疗法/化疗的预后方面表现出稳健性。随后的分析确定了不良预后、免疫反应受损和 M2 浸润的中枢基因 LOXL2。此外,LOXL2...