BSTMatrix细胞分割参数介绍 最新版的BSTMatrix支持把细胞分割的相关参数在配置文件中指定和修改。以类似下边的方式在配置文件中填写(前面加“#“号为注释掉的行)。 其中必须的参数: CellSplit True #True或者False,用于选择是否进行细胞分割,如果不需要进行细胞分割分析,可以直接注释掉这个参数或者选择False fluorescence ...
BSTMatrix细胞分割 最新版BSTMatrix(v2.3)增加了细胞分割的分析。如果实验时对组织切片进行了荧光染色,获得了荧光图,就可以进行细胞分割分析了。 新版流程与之前相比增加了第7步细胞分割的内容,但在使用上并没有区别。使用时可以直接选择-s 0参数运行所有步骤,流程通过配置文件判断是否进行细胞分割。 BSTMatrix -c co...
Execution halted 报错的原因是因为v4版umap列名为大写的UMAP,而v5版为小写 直接将新的cluster.R替换掉BSTMatrix目录下的cluster.R即可,适应v5版本的cluster.R的脚本下载链接为: 链接:pan.baidu.com/s/1cOiXf7 提取码:wpkd 编辑于 2024-07-17 09:52・IP 属地山东...
BSTMatrixONT还调用了bmkos软件对数据进行barcode识别和表达矩阵生成,可以在软件目录下通过运行下边的命令进行安装: pip install ./bmk-ocean-stars 环境的部署也可以参考之前BSTMatrix软件的环境部署: BSTMatrix运行环境搭建 如果之前已经部署好了BSTMatrix的运行环境,再安装好minimap2和bmkos就可以运行BSTMatrixONT了。发...
BSTMatrix下载链接:http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools部署位置: 一、conda安装 #下载 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh #下载完成之后运行 sh Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh ———> #按提示安装 #安装...
BSTMatrixONT安装完成后,可以通过以下步骤运行软件。 输入数据准备 BSTMatrixONT进行S1000的ONT数据分析,需要准备以下几个文件: 测序数据:ONT测序fastq数据(支持.gz格式)。 参考基因组数据:基因组fa序列文件,gtf文件(包含gene、exon)。 荧光解码文件及HE图片文件。 2. 配置文件填写 ## 测序数据(支持.gz格式) FQ /...
之前一篇文章介绍了BSTMatrix的安装和运行,这篇文章主要介绍下BSTMatrix运行得到的结果文件。 软件运行成功后会得到8个目录: outdir/ ├── 01.fastq2BcUmi ##barcode和umi识别目录 ├── 02.LinkBcChip ##barcode芯片位置对应结果目录 ├── 03.Umi2Gene ##reads的基因表达结果目录 ...
最新BSTMatrix v2.3版本的运行环境搭建,也适用于之前的版本。 1. conda 安装 下载: wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh 下载完成之后运行(按提示安装): sh Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh ...
./BSTMatrixONT -c config.txt -s 1,2,3,4 ./BSTMatrixONT -c config.txt -s 1,2 5. 结果文件说明 目录结构及结果说明: outdir/ ├── 01.GenomeMap 步骤1运行结果目录 │ ├── HXFA2-3.sort.bam 基因组比对bam文件 │ ├── HXFA2-3.sort.bam.bai │ └── mapping.sh ├── 02...
前面我们讲过了BSTMatrix软件运行可以分为7步,下边分别进行讨论。 s1. fastq2BcUmi 这步生成的结果在01.fastq2BcUmi目录下。这个步骤是对read1进行barcode和umi识别,一般不会出现什么问题。可能出现的情况是barcode识别率低。如果出现这种情况,主要会表现为*.umi文件较小,*.filter文件较大,另外可以通过*.bc_stat文...