│└── subdata #不同level的稀疏矩阵文件,存储barcode和gene信息,是下游后续分析的主要文件|├── L13_heAuto|├── L1_heAuto|├── L2_heAuto|├── L3_heAuto|├── L4_heAuto|├── L5_heAuto|├── L6_heAuto|└── L7_heAuto ├── heAuto_level_matrix │└── subdata ├...
BSTMatrixONT安装完成后,可以通过以下步骤运行软件。 输入数据准备 BSTMatrixONT进行S1000的ONT数据分析,需要准备以下几个文件: 测序数据:ONT测序fastq数据(支持.gz格式)。 参考基因组数据:基因组fa序列文件,gtf文件(包含gene、exon)。 荧光解码文件及HE图片文件。 2. 配置文件填写 ## 测序数据(支持.gz格式) FQ /...
依赖的软件需要使用export添加到环境变量中,以实现流程的调用。 BSTMatrixONT还调用了bmkos软件对数据进行barcode识别和表达矩阵生成,可以在软件目录下通过运行下边的命令进行安装: pip install ./bmk-ocean-stars 环境的部署也可以参考之前BSTMatrix软件的环境部署: BSTMatrix运行环境搭建 如果之前已经部署好了BSTMatrix的...
Execution halted 报错的原因是因为v4版umap列名为大写的UMAP,而v5版为小写 直接将新的cluster.R替换掉BSTMatrix目录下的cluster.R即可,适应v5版本的cluster.R的脚本下载链接为: 链接:pan.baidu.com/s/1cOiXf7 提取码:wpkd 编辑于 2024-07-17 09:52・山东...