BS-seq可以全面分析DNA甲基化水平及其变化。它可以检测不同样本之间的DNA甲基化差异:包括不同发育阶段的DNA甲基化差异,这对理解发育过程中的表观遗传调控机制至关重要;外部环境因素可以影响DNA甲基化,BS-seq可以帮助我们了解环境因素如何通过甲基化改变基因表达,从而影响植物的生长发育。此外,BS-seq还可以比较突变体与野...
基因编辑:通过在拟南芥中引入V1200R突变,研究者们增强了CMT2的CHG甲基化活性。 DNA甲基化分析:利用全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)技术分析CMT2和CMT2V1200R对全基因组甲基化水平的影响。 转录组测序:通过RNA-seq分析CMT2V1200R介导CHG甲基化对基因表达的影响。 自然变异分析:分析自然条件下的CMT2变异,以及这些...
BS-seq通过将DNA暴露于亚硫酸盐的处理下,将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(T),而甲基化的胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)不受影响。随后,通过高通量测序技术对DNA进行测序,进而获得每个碱基的甲基化信息。 BS-seq的实验步骤主要分为DNA提取、亚硫酸盐处理、测序建库和测序等几个关键步骤。首先,需要从待测样本...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq 什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学现象有密切联系,包括基因组印迹,X染色体失活,转座因子招募,衰老和致癌作用。 胞嘧啶甲...
BS-seq即在测序之前使用亚硫酸氢盐处理DNA以确定甲基化水平。其原理主要是，用亚硫酸氢盐处理DNA可将胞嘧啶残基（C）转化为尿嘧啶（U），但5-甲基胞嘧啶残基（5mC）对其有抗性，并不会发生转变。因此，亚硫酸氢盐处理引入了依赖于单个C残基甲基化状态的DNA序列的特定变化，从而产生有关DNA片段甲基化状态的单...
BS-seq实验原理 用亚硫酸氢盐（Bisulfite）处理DNA可将胞嘧啶残基（C）转化为尿嘧啶（U），但5-甲基胞嘧啶残基（5mC）对其有抗性，并不会发生转变。因此，用亚硫酸氢盐处理过的DNA仅保留甲基化的胞嘧啶。通过上述原理，对基因组DNA进行亚硫酸盐转换，建库和高通量测序，通过对测序Reads中C-T转换进行分析，即可在...
BS-seq全称是Bisulfite sequencing,其原理很简单,就是原始DNA序列在被亚硫酸盐处理后,未甲基化的C会变成U(随后的DNA复制中变成T),而甲基化的C(包括5mC, 5hmC)则不受改变。这是BS-seq的核心点,之后的序列比对也都是基于此。 3. BS-seq的比对方法 ...
m5C meRIP-seq技术介绍! 03:33 m6A meRIP-seq技术介绍! 03:18 绝对定量转录组测序 UMI RNA-seq保姆级介绍 02:02 BS-seq(WGBS)技术介绍 03:34 一个视频讲清ATAC-seq技术原理、操作流程、产品优势等内容! 03:45 CUT&Tag测序技术全方位介绍 03:55 挑战全网,我打赌没有比这个视频更全的ChIP-seq讲...
BSseq的原理是亚硫酸盐处理原始DNA，比对方法主要使用BSMAP程序，以下是详细解释以及接头添加的相关信息：1. BSseq的原理： 亚硫酸盐处理：BSseq全称是Bisulfite sequencing，其原理基于亚硫酸盐处理DNA。在这个过程中，未甲基化的胞嘧啶会被转化为尿嘧啶，在后续的DNA复制过程中，U会被替换为胸腺嘧啶。而...
bsseq的分析主要包括以下4步: 读取原始数据 BSmooth 1. 读取原始数据 bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG,CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代...