--no-unal 不能map到GENOME的reads,不保留sam记录 --un-conc <path> 不能map到GENOME的reads,fasta格式. --un-conc-gz <path> 不能map到GENOME的reads,fasta格式, gzip压缩. --al-conc <path> 能map到GENOME的reads,fasta格式. --al-conc-gz <path> 能map到GENOME的reads,fasta格式, gzip压缩. -p/...
--un-bz2 <path> 将unpaired reads写入到<path>, bz2压缩. --al <path> 将至少能比对1次以上的unpaired reads写入<path>. --al-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-end reads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,...
-x 参数用于指定参考基因组的索引文件前缀 --un-conc-gz 参数用于指定输出未成功比对到参考基因组的配对reads文件,以压缩格式保存。 -1 双末端测寻对应的Read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 中制定的文件一一对应 -2 双末端测寻对应的2. -U 非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件,并...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
bz2压缩. --un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-end reads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-end reads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-conc-bz2 <...
比对去宿主 bowtie2-p4--un-gz sample.filter--un-conc-gz sample.filter-x human-1sample.clean_1.fq.gz-2J2.clean_2.fq.gz 输出结果中 sample.filter.1.fq.gz和 sample.filter.2.fq.gz即为去除宿主之后的reads,可以进入下一步的分析。
bz2压缩.--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-end reads写入<path>.--un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩.--al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-end reads写入<path>.--al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.--al-conc-bz2 <path>......
--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. ...
--un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩. ...
--no-unal:不输出unmap的reads。 --un:输出未比对上的单端序列,可以压缩输出--un-gz/--un-bz2。 --al:输出至少比对上1次的单端序列,可以压缩输出--al-gz等。 --un-conc:输出未必对上的双端序列,可以压缩输出。 --al-conc:输出至少比对上1次的双端序列,可以压缩输出。